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生物信息学基础教程

第4讲:正则表示式教程;本节内容;正则表示式;VIM教程;VIM编辑器;VIM编辑功效;VIM查找功效;grep教程;grep介绍;grep使用方法;惯用grep命令选项;grep正则表示式元字符;练习题:这些命令都能干啥?;sed教程;sed介绍;sed使用方法;sed命令选项;sed定位行号方法;基本sed编辑命令;练习题:这些命令能干什么?;AWK教程;AWK介绍;awk三种执行方式;awk脚本组成;awk脚本运行机制;awk_pattern格式;actions格式;awk命令;awk语句;awk内部变量;awk自定义变量;awk内置函数;awk自定义函数;awk数组;防止awk错误方法;2)在awk中,设置有意义变量名是一个好习惯,在进行模式匹配或关系操作时更轻易了解。普通变量名设置方式为name=$n

3)通常在BEGIN部分给一些变量赋值是很有益,这么能够在awk表示式进行改动时降低很多麻烦

4)awk基本功效是依据指定规则抽取输入数据部分内容并输出,另一个主要功效是对输入数据进行分析运算得到新数据并输出,这是经过在awk_script中对字段变量($1、$2、$3...)重新赋值或使用更大字段变量$n(n大于当前统计NF)而实现

5)使用字符串或正则表示式时,有时需要在输出中加入一新行或查询一元字符。这时就需要字符串屏蔽序列。awk中经常使用屏蔽序列有:\b退格键\ttab键\f走纸换页\ddd八进制值\n新行\r回车键\c任意其它特殊字符。eg:\\为反斜线符号;awk输出函数printf;总结

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