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DNA甲基化研究思路解析（3分以下文章套路）

表观遗传学(Epigenetics)是指DNA序列不发生变化，但基因表达

却发生了可遗传的改变，包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色体重塑

和非编码RNA调控等。DNA甲基化在维持正常细胞功能、遗传印记、

X染色体失活、胚胎发育过程以、衰老以及疾病发生中起着极其重要

的作用。

DNA甲基化存在于各类生物体个体、组织和细胞中，但不同的个

体、组织和细胞间的DNA甲基化水平存在着很大的差异。在不同个体、

组织或细胞之间，存在甲基化水平差异的位点(Differential

MethylationPosition,DMP)以及差异甲基化区域(Differentially

MethylatedRegion,DMR)。

在疾病研究中，表观基因组的差异改变与人类复杂疾病某些性状

的关系，可以通过全基因组甲基化关联分析(epigenome-wide

associationstudies,EWAS)筛选得到，作为一项热门的研究手段，越

来越多的文章运用EWAS研究的方法在许多复杂疾病中比如糖尿病、

高血压、阿兹海默症、类风湿性关节炎等，找到了与疾病相关联的

DNA甲基化位点，以及在表观遗传层面识别了与衰老、肥胖及吸烟环

境暴露等因素相关的变异位点。这些位点可以指向与疾病相关的信号

通路，对疾病机制研究、预防、诊断和靶向治疗等方面有重要的意义。

在当前的科研需求下，Illumina的甲基化芯片Infinium

MethylationEPICBeadChip（简称850K芯片），该芯片既包含原

450K芯片91%的位点，又增加了413,745个位点（总共853,307个

CpG位点）。850K芯片全面覆盖基因启动子区、基因编码区、CpG

岛以及ENCODE及FANTOM5计划中发现的增强子区。850K甲基化

芯片既是肿瘤和其他复杂疾病研究的有力工具，为研究者提供了性能

优越且经济可靠的甲基化解决方案。

为了助力您的DNA甲基化研究，小编整理了《DNA甲基化研究

思路解析》系列技术文章，为您的甲基化研究提供思路和案例解析。

3分以下文章套路

3分以下文章研究思路图

案例一：慢性血栓栓塞肺动脉高压研究

案例一文章研究思路图

研究结果

本研究通过对慢性血栓栓塞肺动脉高压（CTEPH）的肺动脉平滑

肌细胞5例与对照细胞系3例的DNA甲基化进行450K甲基化芯片筛

选，报道了大量的DMPs。

Figure1实验组样本临床信息

Figure2差异甲基化位点DMP热图/DMP功能分布图

通过对相应的DMP基因和蛋白的功能富集分析发现，DNA高甲

基化和低甲基化可能通过调控不同通路过程参与肺动脉平滑肌细胞的

重塑，其中许多参与了CTEPH的经典病理机制。

Figure3差异甲基化基因的GO/KEGG富集分析

此外，一些基因，如PIK3CA、PIK3R和STAT3，被发现起着关键

作用。亚硫酸氢盐测序和qPCR结果证实了PIK3CA、HIC1和SSH1

甲基化差异对改变基因表达的影响。这些结果将提供一个更好的了解

CTEPH中肺动脉平滑肌细胞的重塑的机制。

Figure4差异甲基化基因焦磷酸验证与基因表达量验证

案例二：慢妊娠期糖尿病妇女胎儿甲基化研究

案例二文章研究