材料模拟软件：LIGGGHTS二次开发all.docx

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LIGGGHTS二次开发入门

LIGGGHTS（LImitedGranularGeoHybridizedwithLAMMPS）是一款基于离散元法（DEM）的材料模拟软件，广泛应用于颗粒系统的研究和工业应用。LIGGGHTS的核心是LAMMPS（Large-scaleAtomic/MolecularMassivelyParallelSimulator），它是一个高效的并行分子动力学模拟软件。LIGGGHTS通过扩展LAMMPS的功能，使其能够处理颗粒系统，从而在材料科学、化学工程、环境工程等领域中发挥重要作用。

1.LIGGGHTS的基本架构

LIGGGHTS的架构基于LAMMPS，因此在理解LIGGGHTS的二次开发之前，首先需要对LAMMPS的基本架构有所了解。LAMMPS的架构主要分为以下几个部分：

输入脚本：用户通过输入脚本定义模拟的参数和流程。

初始化模块：负责读取输入脚本并初始化模拟环境。

计算模块：包括力计算、时间积分、温度控制等核心计算功能。

输出模块：负责生成模拟结果文件，如轨迹文件、能量文件等。

并行计算模块：支持多核和分布式计算，提高模拟效率。

LIGGGHTS在LAMMPS的基础上增加了颗粒系统的处理模块，包括颗粒间的相互作用、颗粒与壁面的相互作用等。这些模块通过扩展LAMMPS的类和方法实现，因此二次开发的主要工作是理解和修改这些类和方法。

2.LIGGGHTS的二次开发环境搭建

在进行LIGGGHTS的二次开发之前，需要搭建合适的开发环境。以下是一些常见的开发环境搭建步骤：

安装LIGGGHTS：

首先，从LIGGGHTS的官方网站下载最新版本的源代码。

使用CMake生成Makefile文件，然后编译安装。

#下载LIGGGHTS源代码

gitclone/CFDEMproject/LIGGGHTS-PUBLIC.git

#进入源代码目录

cdLIGGGHTS-PUBLIC

#使用CMake生成Makefile

cmake-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=../install-DWITH_MPI=ON-DWITH_VTK=ON.

#编译并安装

make-j4

makeinstall

配置开发环境：

安装必要的开发工具，如GCC、Python等。

配置IDE（如VisualStudioCode、CLion等），以便于代码的编写和调试。

#安装GCC

sudoapt-getinstallgccg++

#安装Python

sudoapt-getinstallpython3python3-pip

熟悉LIGGGHTS的源代码结构：

LIGGGHTS的源代码主要位于src目录下，包括核心模块、DEM模块、用户自定义模块等。

通过阅读源代码文档和注释，了解各个模块的功能和调用关系。

3.基础类和方法的扩展

LIGGGHTS的二次开发主要涉及对基础类和方法的扩展。以下是一些常见的扩展方法：

扩展力计算模块：

力计算模块是DEM的核心部分，负责计算颗粒间的相互作用力。可以通过继承Pair类实现新的力计算模型。

//自定义力计算模型

#includepair.h

#includeatom.h

#includeforce.h

#includeupdate.h

#includeneighbor.h

#includeneigh_list.h

classPairMyModel:publicPair{

public:

PairMyModel(classLAMMPS*lmp):Pair(lmp){}

virtual~PairMyModel(){}

virtualvoidcompute(int,int);

virtualvoidsettings(int,char**);

virtualvoidcoeff(int,char**);

virtualdoubleinit_one(int,int);

protected:

doublecut_global;//全局截断距离

double**cut;//每对原子的截断距离

double**epsilon;//每对原子的相互作用能

double**sigma;//每对原子的相互作用半径

};

voidPairMyModel::compute(inteflag,intvflag){

inti,j,n,itype,jtype;

doublext