《SNP检测技术》课件.pptVIP

精选课件ppt*MassARRAY技术原理:

MassEXTEND单碱基延伸反应,紧挨SNP位点设计一段探针,在反应体系中以ddNTP替代dNTP,使探针仅在SNP位点处延伸一个碱基即终止。根据SNP位点的不同,探针将结合不同的ddNTP,从而具有不同的分子量,质谱仪即可检测出这种分子量差异,从而实现SNP分型的目的。

精选课件ppt*单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphism，SNP)，指由于单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中，绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象，即SNP。SNP是指在染色体基因组水平上单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性,而其中最少一种等位基因在群体中的频率不小于1%。[2]。例如,一个SNP可以将一个DNA序列:AAGGCTAA变为ATGGCTAA,其中发生了A→T的颠换。SNP在基因组内可以划分为两种形式:cSNP经常引起表达蛋白的多态性变异,有时会影响他们的功能特性。非同义突变(有氨基酸序列的改变)的频率,比其他方式突变的频率低得多。由于具有以上特点,SNP成为继RFLP(限制性片段长度多态性),微卫星(microsatellite)多态标记后的第三代分子遗传标记。用目前的方法每年可以检测出上千个基因中的SNP,而其成本会随着技术和手段的不断成熟而大大降低,同时检出率也不断提高。限制性片段长度多态性法PCR-RFLP单链DNA或RNA在中性条件下会形成二级结构，不同的二级结构依赖于碱基的组成，随着DNA测序自动化和测序成本的降低,直接测序法将越来越多地用SNP的检测与分型。根据其不同原理，SNP芯片技术又分8种，分别是：基于核酸杂交反应原理的SNP芯片、基于单碱基延伸反应原理的SNP芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应原理的SNP芯片、基于“一步法”反应原理的SNP芯片、基于引物连接反应原理的SNP芯片、基于限制性内切酶反应原理的SNP芯片、基于蛋白-DNA结合反应原理的SNP芯片和基荧光分子-DNA结合反应原理的SNP芯片MALDI-TOF激光解吸附电离飞行时间质谱高效液相色谱仪的核心部件是DNA分离柱。将目标核酸片段PCR扩增,在部分加热变性的条件下,含有突变碱基的DNA序列由于错配碱基与正常碱基不能配对而形成异源双链。通过控制温度,将系统温度维持在接近DNA片段Tm值条件下运行,不同的DNA分子将根据其与固定相亲和力强弱的不同而被先后洗脱下来。因包含错配碱基的杂合异源双链区比完全配对的同源配对区和固定相的亲和力弱,更易被从分离柱上洗脱下来,从而达到分离的目的。SNPs的有无最终表现为色谱峰的峰形或数目差异,依据此现象可很容易从色谱图中判断出突变的碱基。精选课件ppt*SNP检测技术精选课件ppt*内容简介1SNP概念2SNP特点3SNP检测技术4实验精选课件ppt*SNP的概念单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphism,SNP),指由于单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象,即SNP。它包括单碱基的转换,颠换、插入及缺失等形式精选课件ppt*SNP在基因组内的形式:一是遍布于基因组的大量单碱基变异;二是分布在基因编码区(codingregion),称其为cSNP，属功能性突变。SNP在单个基因或整个基因组的分布是不均匀的:（1）非转录序列要多于转录序列（2）在转录区非同义突变的频率,比其他方式突变的频率低得多。精选课件ppt*SNP的特点在遗传学分析中,SNP作为一类遗传标记得以广泛应用,主要源于这几个特点:（1）密度高SNP在人类基因组的平均密度估计为1\1000bp,在整个基因组的分布达3×106个,遗传距离为2～3cM,密度比微卫星标记更高,可以在任何一个待研究基因的内部或附近提供一系列标记。（2）富有代表性某些位于基因内部的SNP有可能直接影响蛋白质结构或表达水平,因此,它们可能代表疾病遗传机理中的某些作用因素。精选课件ppt*SNP