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CADD应试大纲指南

(序列一)

主编、责任编辑、主审人员：中国药科大学2010级药学院

药化专业本课程选课同学

2010年11月29日

序

伟大的革命领袖毛主席在教育方面有两条重要的论断：

1.“不要考试，考试不是办法。一本书考十题，一本书一百个观点，不只是十分

之一吗？就考对了，对其它百分之九十怎么办呢？谁考马克思？谁考恩格斯？谁

考列宁？谁考黄作珍同志？群众需要，蒋介石当教员。我们都是这样。”

2.“一切知识分子，只要是在为人民服务的工作中著有成绩的，应当受到尊重，

把他们看作国家和社会的宝贵财富。

本资料的编纂工作正是在主席这两条重要指示下展开的。在药化班众多战友

的日夜奋战下，历时三个星期，经过反复的校对、修正，这本旨在为全体选课同

学服务的应试指南此刻终于得以问世。而我们也因此感到无比欣慰，“独乐乐不

如众乐乐”。

紧张的工作过程给了我们不少启发和发现。一个重要的启发是：在中国共产

党的领导下，一切困难都难不倒中国人民！在克服困难的道路上，中国人民一定

能胜利、也终究会胜利。同时，我们也发现了谁才是这个世界上最可爱的人—所

有甘于奉献的药大人！

本资料涵盖了CADD的所有考点，原则上，大家只要把这份资料烂熟于心，

考试问题也就迎刃而解。所以，大家尽可以享受背诵带来的乐趣，一天背诵20

页，不辞常做药大人！

所以名之《序列一》因为还有一套《CADD应试宝典序列二（归纳总结版）》

正在紧锣密鼓地编纂过程中，估计不久将在各大连锁店有售，敬请关注。

“Itislovethatmakestheworldgoround”.最后希望这种乐于奉献的精神在

药大能够生根、发芽、开花！

昨夜星辰

2010年11月于南京

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高精确同源建模可用软件的对比研究：结构模型的序列对比

摘要

在蛋白质同源建模过程中未解决的问题是：现在的模型软件包是怎样满足质

量结果的双重标准和实际应用。为了客观的说明这个问题，我们建立了大量的治

疗上有关蛋白质的同源模建。这些蛋白质的序列鉴定范围为19%到76%。一种新

型的检测方法，差异对线指数DAI对定向排列质量的量化有协助作用。DAI也被

用来建立相对序列排列，相对序列排列RSA是一种新的描述总的序列排列的方

法，有助于通过不同方法比较序列排列。比较RSA的序列排列和定测的方法论，

可以更好的理解每种方法的优点和局限性。所有的定向排和相对应的3D模型都

和他们各自的排列结构和晶型结构做了比较。我们使用了大量的蛋白质模型，结

果发现，序列的同一性大于40%时，所有的套装软件给出相似并且满意的结果；

序列同一性降低时（＜25%﹚,由Profit和Prime提出的定向排列将结果构造和

定向排列合并在一起。此外，Prime提出的在低序列鉴定中应用的模型比其他要

优越的多。并且，我们注意到与其他构建结构软件相比，诊断与统计手册和有效

性测量（能产生大于25%序列鉴定的模型）更有效且使用起来更方便。

关键词同源模建比较模型序列对比蛋白质模型软件软件可用性

尽管X-单晶衍射和高磁场NMR在解决蛋白质结构方面取得重大进步，但对