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以铜为镜，可以正衣冠；以古为镜，可以知兴替；以人为镜，可以明得失。——《旧唐书·魏征列传》

基于分子动力学模拟研究蛋白质二级结构变化对其活性的影响

蛋白质作为生命体的基础物质,参与到生命活动的各个环节。由多个二级结

构组成的蛋白质三级结构决定蛋白质的结构与功能,蛋白质二级结构的改变往往

会影响蛋白质的活性。

传统的分子生物学实验技术无法从微观上检测二级结构的变化,也无法分析

二级结构变化调控蛋白质活性的分子机理。分子动力学模拟是随着生物科学技术

与计算机科学技术的发展,应运而生的一种新兴交叉的生物学手段,被应用于生

物大分子催化机制、蛋白构象改变、酶与配体相互作用机制的研究中,发挥了其

独特的优势,在很多方面成为实验难以替代的方法。

本论文以人MEK1、玉米赤烯酮降解酶、嗜热菌Argonaute和环状芽孢杆菌

的转氨酶为蛋白质分子模型,采用多种计算生物学的方法(分子动力学模拟、蛋白

质网络分析、结合自由能计算、分子对接),针对几种重要蛋白进行深入的研究,

对蛋白质二级结构调控蛋白质活性的分子机理进行了深入的讨论。论文的具体研

究内容如下:1.MEK1二级结构变化影响其催化活性的分子机制大约30%的癌症发

生与MAPK信号转导通路的激活有关,丝裂原活化蛋白激酶激酶(MEK1)是该条信

号通路的关键组成部分。

据报道,在很多类型的癌症中,MEK1分子氨基酸的突变能够增强其活性,从

而导致癌细胞的增殖和分化。但是突变引起蛋白构象变化以及调控其活性的分子

机制并不清楚。

本研究对野生型MEK1(无活性)、一种无活性突变(A52V)、五种有活性突变

(K57N、P124S、E203K、I103和E102_I103缺失突变)以及磷酸化的MEK1(有活性)

进行了分子动力学模拟,和蛋白质网络以及MM-PBSA的分析。蛋白质结构网络和

以铜为镜，可以正衣冠；以古为镜，可以知兴替；以人为镜，可以明得失。——《旧唐书·魏征列传》

氢键分析表明,位于CHelix(Residue105-121)附近的残基发生突变,降低了C

Helix的稳定性,进而破坏了MEK1中Activationsegment(Residue216-222)和

CHelix之间的相互作用,并伴随着Activationsegment的二级结构由Helix变

成Coil,最终导致Activationsegment远离MEK1蛋白的主体,在蛋白表面形成

一个开放的缺口,即蛋白由Close状态转变成Open状态。

氢键分析和MM-PBSA计算结果说明有活性突变能够通过降低MEK1和抑制剂

ANP之间的结合亲和力以抵消抑制剂的抑制作用。这些理论计算的结果都能充分

地阐释有活性突变增强MEK1活性的分子机制,为二级结构变化影响蛋白活性分

子机制的研究提供了理论依据。

2.玉米赤烯酮降解酶二级结构变化影响其对α-ZOL降解效率的分子机制玉

米赤烯酮(ZEN)及其衍生物是从发霉谷类中提取出的污染物,因其污染程度大、难

降解的性质,给农业和工业经济带来很大的损失。国内外学者一直致力于寻找高

效的降解该污染物的方法。

玉米赤烯酮降解酶(ZHD)是一种典型的α/β水解酶,也是唯一能够降解玉米

赤烯酮的酶,但是野生型ZHD对于玉米赤烯酮衍生物的降解效率很低。最近的研

究表明,V153H突变能特异性的增强ZHD对α-ZOL的降解效率。

为了分析V153H突变提高ZHD对α-ZOL的催化效率的原因,采用Gromacs软

件对野生型/α