南阳黑猪肌内脂质沉积相关lncRNA鉴定和功能预测 .pdfVIP

刘京鸽，吴结革，徐世永，等．南阳黑猪肌内脂质沉积相关ｌｎｃＲＮＡ鉴定和功能预测［Ｊ］．江苏农业科学，２０２３，５１（１２）：１４９－１５７．

ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２３．１２．０２１

南阳黑猪肌内脂质沉积相关ｌｎｃＲＮＡ鉴定和功能预测

刘京鸽，吴结革，徐世永，陈清，马凡华，张金璧

（金陵科技学院动物科学与食品工程学院，江苏南京２１００３８）

摘要：为了探讨长链非编码ＲＮＡ（Ｌｏｎｇｎｏｎ－ｃｏｄｉｎｇＲＮＡ，ｌｎｃＲＮＡ）在南阳黑猪肌内脂肪沉积中的重要作用，通过

分析已发表的南阳黑猪高脂组和低脂组背最长肌转录组数据，通过编码潜能预测获得可能的ｌｎｃＲＮＡ，结合ＤＥＳｅｑ２软

件筛选出在南阳黑猪高脂组和低脂组背最长肌差异表达基因和ｌｎｃＲＮＡ，并通过ＧＯ和ＫＥＧＧ通路富集分析，找出与

南阳黑猪肌内脂肪沉积相关的差异表达ｌｎｃＲＮＡ。结果表明，通过编码潜能预测获得６１个新的ｌｎｃＲＮＡｓ，新鉴定

ｌｎｃＲＮＡｓ和已知ｌｎｃＲＮＡｓ与编码基因相比较表现出一些典型特征，如转录本长度较短、外显子数较少。差异表达分析

发现，８１４个编码基因和９８个ｌｎｃＲＮＡ在低脂和高脂组背最长肌间差异表达。差异表达的基因参与了多种与脂质代

谢相关的信号通路，如甘油三脂代谢、ＰＰＡＲ信号通路、脂肪酸生物合成、脂肪酸降解等。联合差异表达ｌｎｃＲＮＡｓ的靶

基因预测和差异表达基因结果分析表明，一些ｌｎｃＲＮＡ可能作用于潜在的靶基因，参与脂质代谢过程，调控背最长肌

脂质沉积。研究结果为进一步深入研究与猪脂质沉积相关的ｌｎｃＲＮＡ生物学功能及调控机制奠定了基础，在未来育

种中改善猪肉性状，促进猪的选择进程。

关键词：南阳黑猪；背最长肌；ｌｎｃＲＮＡ；脂质代谢

中图分类号：Ｓ８２８．２文献标志码：Ａ文章编号：１００２－１３０２（２０２３）１２－０１４９－０９

长链非编码ＲＮＡ（ｌｏｎｇｎｏｎ－ｃｏｄｉｎｇＲＮＡ，与西方商品猪相比，中国地方猪的生长速度较

［１］慢，瘦肉率较低，但脂质沉积优越。由于中国地方

ｌｎｃＲＮＡ）是一类长度＞２００ｎｔ非编码ＲＮＡｓ。

ｌｎｃＲＮＡ在多种生物过程中发挥重要作用，如胚胎发品种选择强度较低导致明显的遗传和表型分化［９］。

育［２］、表达调节［３］、重编程［４］、基因组印记［５］等。此南阳黑猪是原产于中国中部地区的优良地方良种，

外，发现许多ｌｎｃＲＮＡｓ参与调控脂质代谢：ＬｎｃＲＮＡ早熟易肥，适应性、杂交配合力、抗病力均较强，耐

ＩＭＦＮＣＲ通过海绵化ｍｉＲ－１２８－３ｐ和ｍｉＲ－２７ｂ－近交［１０－１１］。南阳黑猪猪肉的矿物质含量、大理石条

３ｐ促进鸡肌内脂肪细胞分化［６］，ｌｎｃＲＮＡ３３２４４３通纹、肉色和肌内脂肪含量均显著高于进口品

过靶向Ｒｕｎｘ１和ｐ３８ＭＡＰＫ及ＥＲＫ１／２－ＭＡＰＫ信种［１１－１４］。因此，南阳黑猪是脂质沉积的理想研究模

号通路抑制前脂肪细胞分化［７］，ＬｎｃＬＳＴＲ可与ＴＤＰ型。本研究利用已经发表的来自南阳黑猪背最长

－４３形成分子复合物，调控Ｃｙｐ８ｂ１的表达水平，进肌的转录组数据进行长链非编码ＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）的

而影响ＦＸＲ调节通路致使ａｐｏＣ２增多，对甘油三酯鉴定，并进行了编码基因和ｌｎｃＲＮＡ的差异表达研

水平产生影响。ＬＮＣＬＳＲ直接与ＴＤＰ－４３结合并抑究，构建了表达调控网络，为进一步解析猪脂质沉

制Ｃｙｐ８ｂ１表达，以下调甘油三酯水平［８］。积性状的分子机制奠定基础。

１材料与方法

收稿日期：２０２２－０７－３１

１．１数据的来源、质控、比对和组装

基金项目：国家自然科学基金（编号：３２０