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面向生物医学领域的命名实体识别技术研究

摘要：

命名实体识别（NER）技术在生物医学领域已经广泛应用，为研

究者提供了一个高效的手段来从大规模文本中检索关键信息。本文首

先介绍了NER技术，包括任务定义、评估指标、现有方法及其优缺点。

之后，重点探讨了面向生物医学领域的NER技术，给出了该领域研究

的特点和难点，并详细分析了当前生物医学NER技术存在的问题和挑

战。最后，本文总结了面向生物医学领域的NER技术发展趋势和未来

研究方向，旨在为该领域NER技术的研究提供一定的借鉴和提示。

关键词：命名实体识别；生物医学；评估指标；方法；问题

介绍

命名实体识别（NER）是自然语言处理（NLP）中的一项基础任务，

其主要目的是在文本中自动识别出指定类型的实体（如人名、地名、

时间、机构名等），并进一步对其进行分类和标注。近年来，随着自

然语言处理技术的进步和研究对象的不断扩展，NER技术在各个领域得

到了广泛应用，如社交网络文本分析、知识图谱构建、信息抽取等。

其中，在生物医学领域，NER技术具有重要的应用价值。生物医学领域

中的文献数据非常庞大，其中包含了大量的医疗专业术语和临床医学

实体，如药物、疾病、基因、蛋白质等。因此，通过NER技术自动从

生物医学文献中识别出关键实体，不仅有助于对知识进行抽取和整合，

还可以为生物医学研究提供有效的信息检索和分析手段。本文将重点

探讨面向生物医学领域的NER技术研究。

任务定义与评估指标

命名实体识别在NLP中通常被定义为从文本中识别出指定类型的

实体。在生物医学领域，NER任务的目的是从文本中自动识别出一些重

要的生物医学实体，如基因、蛋白质、细胞以及疾病等。相应地，生

物医学NER任务的标注标准也相应制定了不同的规则和标准，如

BioCreative、JNLPBA、BioNLP等。

评估指标是评价NER模型性能的重要指标。常用的评估指标包括

准确率（Precision）、召回率（Recall）和F1得分（F1-Score）等。

其中准确率是指识别为正样本的样本中有多少是真正的正样本；召回

率是指真实的正样本中有多少被识别为正样本；F1得分是综合考虑准

确率和召回率得出的，是二者的均衡之后的一个分值。

现有方法及其优缺点

目前，生物医学NER技术主要分为两类，基于规则的方法和基于

机器学习的方法。

基于规则的方法是指通过手动编写规则模板，使用特定的语言模

型、文本分析工具和字典等辅助工具，对生物医学文献中的实体进行

识别。基于规则的方法主要优点在于对领域知识的利用非常充分，可

以快速、准确地处理各种生物医学实体。但是，由于规则复杂性高，

当遇到未知实体或新的数据集时，需要逐步增加规则并进行调整，会

带来非常大的工作量和难度，且难以处理样本量非常庞大的数据集。

基于机器学习的方法则是通过训练模型，自动从文本中识别指定

类型的实体。常见的基于机器学习的方法包括：（1）基于特征的方法，

是指通过手动设计特征向量，如词性、上下文信息等，再使用机器学

习模型（如SVM、CRF等）进行分类。基于特征的方法优点在于对模型

的解释性比较强，可用于实体筛选，性能较稳定；缺点是需要经验丰

富的专业人员设计特征向量，并且无法自动学习新特征。（2）基于

深度学习的方法，是指通过深度神经网络（DNN）进行信息抽取。基于

深度学习的方法优点在于可以利用神经网络自动学习特征的优点，更

强大的模型学习能力，并且可以对复杂文本进行处理。缺点则在于需

要更多的标注数据、计算资源和时间。

面向生物医学领域的NER技术

生物医学NER任务具有一些特殊的特点和挑战。首先，生物医学

实体种类繁多，如基因、蛋白质、化学物质等，各自具有特定的结构

和特征；其次，生物医学实体识别是一个多层次的任务，需要对实体

进行层次化标注，如组织器官、疾病及治疗等。这就要求NER技术需

要具备高度的灵活性和适应性。

由于生物医学NER任务的特殊性质，当前的NER技术还存在一些

问题和挑战：（1）数据标注问题。生物医学领域的数据标注非常困难，

主要是由于生物医学领域术语和实体的定义复杂，存在大量的同义词

和近义词。这导致标注人员往往存在标注不一致和标注错误等问题。

（2）跨模态NER问题。生物医学文献的来源多种多样，包括文本、图

片、语音等，如何跨模态地实现N