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乐民之乐者,民亦乐其乐;忧民之忧者,民亦忧其忧。——《孟子》
Nanobody-Tn5,赋予CUTTag不一样的体验CUTTag技术,作为研究蛋白质-
DNA互作的新兴技术,从问世之初,就一直备受关注。Nanobody(纳米抗体)在
药物抗体研究中的风很大,在医药领域备受青睐。那纳米抗体怎么就与CUTTag
关联上了呢?
2022年12月,GonçaloCastelo-Branco课题组和美国纽约基因组中心Ivan
Raimondi团队同期在NatureBiotechnology上发表了关于nanobody-Tn5的文
章。
Nanobody-Tn5主要是将纳米抗体与Tn5转座酶进行融合,制备出可结合两种不同
物种(小鼠和兔)一抗的anti-mouseTn5和anti-rabbitTn5。这两种
nanobody-Tn5中包埋了含不同index的接头序列,Tn5切割染色质时,接头插入到
染色质中,通过不同的index来区分来源于mouse的一抗靶向区域还是来源于
rabbit一抗靶向的区域。关于这两篇文章,NatureBiotechnology杂志也给出了
回应:这两篇论文的主要创新是在检测中使用纳米抗体,可以测量单个细胞中两种
或更多组蛋白修饰的全基因组存在,以及细胞表面蛋白表达(NTT-seq)或染色质可
及性(Nano-CT)。这种方法使我们能够在更高的水平上以高灵敏度和准确性观察复
杂的单个细胞表观基因组研究。
2023年3月,翌圣生物Multi-CUTTag试剂盒(
CUTTag2for1照进现实,
Multi-CUTTag试剂盒),产学研合作,推出了利用nanobody-Tn5(anti-rabbit
tn5和anti-mousetn5)组成的Multi-CUTTag标准化试剂盒,实现了一份样
本,两种靶标的标准操作。
关于这个利用nanobody-Tn5(anti-rabbittn5和anti-mousetn5)组成的
Multi-CUTTag标准化试剂盒的性能大家也很期待吧,来,我们上一波数据吧!
01H3K4me1
将H3K4me1使用常规的CUTTag试剂盒以及使用nanobody-Tn5的试剂
盒进行单靶标和多靶标建库并上机测序,结果如下:
乐民之乐者,民亦乐其乐;忧民之忧者,民亦忧其忧。——《孟子》
图.H3K4me1使用常规CUTTag试剂盒和Multi-CUTTag试剂盒结果图
使用常规CUTTag试剂盒以及Multi-CUTTag试剂盒做单靶标时,结果差异不
大,在某些位点上,Multi-CUTTag信号更明显。Multi-CUTTag做双靶标实验
时,联合其他抗体(K3K27ac、H3K4me3、H3K36me3)均能拆分并且分析结果与
单靶标结果一致。
02H3K4me3
将H3K4me3使用常规的CUTTag试剂盒以及使用nanobody-Tn5的试剂盒进行单
靶标和多靶标建库并上机测序,结果如下:
图:H3K4me3使用常规CUTTag试剂盒和Multi-CUTTag试剂盒结果图
使用常规CUTTag试剂盒以及Multi-CUTTag试剂盒做单靶标时,结果差异不
大。Multi-CUTTag做双靶标实验
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