水稻耐盐及盐敏感材料间染色质开放位点的比较分析.pdfVIP

目录

摘要I

ABSTRACTIII

缩略语V

第一章文献综述1

1.盐胁迫对水稻影响的研究进展1

1.1盐胁迫对水稻生长发育的影响1

1.2植物的耐盐机制2

1.3水稻耐盐基因对盐胁迫的响应5

2.染色质可及性分析的研究进展6

2.1影响染色质可及性的因素7

2.2全基因组水平研究染色质可及性的方法8

2.3染色质可及性的应用及研究意义12

2.4染色质可及性与植物逆境响应13

3.植物逆境转录组学研究进展14

3.1概念14

3.2转录组测定方法15

3.3转录组学与植物胁迫的研究15

4.植物响应盐胁迫的表观组学研究进展16

4.1DNA甲基化17

4.2组蛋白修饰17

5本研究的目的与意义18

第二章实验材料与方法19

1.植物材料19

2.方法19

2.1幼苗培养及处理19

2.2RNA提取19

2.3植物ATAC实验20

2.4RNA-seq数据分析22

2.5ATAC-seq数据分析22

第三章结果与分析25

1.盐处理条件下相关水稻材料的表型变化25

2.水稻不同耐盐性材料染色质开放图谱的构建25

2.1ATAC-seq数据质量评估25

2.2开放染色质区间在全基因组的分布28

2.3水稻不同耐盐性材料转录组图谱构建30

2.4基因表达与染色质开放程度的关系32

3.耐盐材料盐处理前后染色质开放程度与基因表达的变化35

3.1盐处理前后的差异THS分析35

3.2盐处理前后的差异表达基因分析36

3.3盐处理前后差异表达基因与差异THS的关系38

4.盐敏感材料盐处理前后染色质开放程度与基因表达的变化41

4.1盐处理前后的差异THS分析41

4.2盐处理前后的差异表达基因分析42

4.3盐处理前后差异表达基因与差异THS的关系44

5.耐盐材料特异性调控及功能47

6.籼稻、粳稻的特异性调控及功能49

第四章结论与讨论53

1.结论53

2.讨论与展望54

创新点与不足之处57

参考文献59

致谢71

水稻耐盐及盐敏感材料间染色质开放位点的比较分析

摘要

水稻（OryzasativaL.）是世界上主要粮食作物之一，养活了全球近一半的

人口。然而，随着土壤盐渍化程度日趋加重，水稻的生长和产量受到严重影响。

因此，开展水稻盐胁迫响应机制的研究对于培育耐盐品种，降低由于土壤盐渍化

所导致的水稻产量下降具有重要意义。本研究对武运粳（粳稻，耐盐）、大白糯

（粳稻，盐敏感）和Pokkali（籼稻，耐盐）、螃蟹谷（籼稻，盐敏感）进行盐处

理，利用ATAC-seq和RNA-seq技术，探究盐胁迫诱导的开放染色质动态变化区

间及其对基因的表达调控，从基因表达调控这一层面来解析水稻耐盐的分子机制。

本研究的主要结果如下：

1.比较盐处理前后差异的染色质开放区间。盐胁迫处理后，在水稻耐盐材

料武运粳和Pokkali中分别鉴定到差异染色质开放位点(transposase-accessible

chromatinhypersensitivesites,THS)的数