噬菌体疗法概论噬菌体多样性与进化讲解.pptx

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噬菌体多样性与进化噬菌体形态极为丰富，包括有尾噬菌体、丝状噬菌体、纺锤状噬菌体、囊膜球形噬菌体等。其中，有尾噬菌体最常被分离鉴定，按尾部特征可以分为长尾噬菌体、肌尾噬菌体、短尾噬菌体。一、噬菌体的形态多样性（一）不同类型噬菌体的形态特征

噬菌体多样性与进化要研究噬菌体的进化，就要先了解噬菌体的多样性。噬菌体在地球上分布极其广泛，数量庞大。从江河湖海、丛林草原，到人体皮肤、口腔、肠道，噬菌体无处不在，且与自然环境和人类健康密切相关。一、噬菌体的形态多样性（二）形态多样性对噬菌体功能的影响

噬菌体多样性与进化但噬菌体又必须依赖细菌才能繁殖，据推算每秒钟全球有约1024个细菌被噬菌体感染。因此，在反复感染与斗争的过程中，噬菌体也在不断进化。在实验室条件下，dsDNA噬菌体的突变和重组概率极低(约10?)。但考虑到噬菌体庞大的数量，每天发生的噬菌体基因组突变和重组事件都极其丰富，这为噬菌体进化提供了足够的机会，也是噬菌体多样性的基础。一、噬菌体的形态多样性（二）形态多样性对噬菌体功能的影响

噬菌体多样性与进化认识噬菌体多样性的另一个角度是噬菌体基因组的多样性。随着测序成本的飞速下降，测序已经成为噬菌体鉴定的基本内容之一。噬菌体按基因组的特点，可分为dsDNA、dsRNA、ssDNA、ssRNA噬菌体。大量已测序的噬菌体是dsDNA噬菌体，且以有尾噬菌体为主。二、噬菌体基因组多样性（一）噬菌体基因组的特点

噬菌体多样性与进化1.噬菌体对基因组的利用十分充分，很少有冗余序列。对于dsDNA噬菌体而言，通常90%以上的DNA序列都用于编码蛋白质。2.从噬菌体基因的排列结构上看，通常功能相似的基因会在同一个调控元件下，排列非常紧凑，进行共转录。3.噬菌体基因组比对呈现镶嵌型结构。二、噬菌体基因组多样性（一）噬菌体基因组的特点

噬菌体多样性与进化1977年，Sanger利用第一代测序技术对φX174噬菌体进行了全基因组测序，成为测序技术上的一个里程碑事件。如今，第二代和第三代测序技术的普及使噬菌体基因组的测序和分析变得容易，通过比较不同噬菌体的基因组差异，可研究噬菌体的多样性和进化特点。二、噬菌体基因组多样性（二）基因组多样性对噬菌体进化的意义

噬菌体多样性与进化区域之间的序列相似度相对较低，呈现出镶嵌型结构，说明这部分序列在噬菌体进化的过程中可能属于高变异区，且其变异可能不影响噬菌体的基本功能。这些高变异区的产生可能是重组导致的，且这些基因的重组不会降低噬菌体的适应性。重组如果导致关键基因的变异，使得噬菌体没有生存优势时，这些重组噬菌体则会面临自然选择而被淘汰。三、基因组水平转移（一）基因水平转移在噬菌体进化中的作用

噬菌体多样性与进化对噬菌体进化的认识不是来源于对单个噬菌体的分析，而是来自对不同噬菌体之间差异的比较。通过比较不同的噬菌体序列，可发现点突变、插入、缺失、序列重复、基因重组等现象，从而推测噬菌体的进化过程。噬菌体基因组比对分析发现噬菌体之间差异很大，且重组非常频繁。因此，重组被认为是噬菌体进化的主要因素。由于噬菌体序列比对常常呈现镶嵌型结构，很难推测出彼此的分子钟和进化关系。三、基因组水平转移（二）噬菌体基因组镶嵌型结构的证据

噬菌体多样性与进化镶嵌型噬菌体基因组可以反映其基因组的进化历史。但是，传统的系统发育研究方法只能利用一个相对统一的标准进行衡量，如细菌的16SrRNA基因。但噬菌体没有一个共有的通用基因，因此，很难将噬菌体分类群放在更广泛的进化背景中去比较其进化规律。有研究人员提出一些噬菌体进化比对的新方法，例如用末端酶基因序列对dsDNA噬菌体进行比较，因为末端酶是dsDNA噬菌体最常见的基因；四、进化研究的新办法（一）基于末端酶基因序列的噬菌体比较

噬菌体多样性与进化还有研究人员通过大数据分析，提出一个基于dsDNA噬菌体最常见的77个编码基因的比较分类方法。但这些方法均没有得到广泛认可和应用。大部分研究仅对相似性较高的噬菌体或同种、同属噬菌体进行进化关系比对。四、进化研究的新办法（二）大数据分析在噬菌体进化研究中的应用

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