遗传咨询师课件：---高通量测序技术的发展及在临床应用-罗海涛、赵屹.pptx

高通量测序技术的发展、分析手段及临床应用

罗海涛、赵屹

中国科学院计算技术研究所

中科院计算技术研究所-生物信息实验室

赵屹研究团队简介

赵屹，从事生物信息学研究15年，在长非编码RNA领域及多组学测序分析方面有丰富的经验，以责任作者发表SCI论文20余篇，总共引用次数超过600次。

•与陈润生院士共同开发的非编码RNA数据库-NONCODE，已升级完成四个版本，是目前国际上非编码RNA相关的最全面的数据库之一。

•在国际上首次开发了长非编码RNA功能预测系统-ncFANs，实现了对长非编码RNA基因的大规模功能预测。

•在癌症的基因组测序，转录组测序等领域也取得多项高水平成果。

十几年来，全基因组测序的价格变化

本讲课程提纲

1、高通量测序实验学部分（原理、步骤、主要测序类型）

2、数据生物信息学分析及解读部分（基本概念、步骤、常

用方法）

3、临床应用部分

目的：

掌握基于基因测序技术的检测报告是如何产生的！

高通量测序技术的概念

高通量测序:一次性对几百万到数十亿条DNA/RNA分子进行并行测序，又称为下一代测序技术、深度测序，其使得可对一个物种的基因组、转录组及表观遗传组等进行深入、细致、全貌的分析。

High-throughputSequencing

NextGenerationSequencing

DeepSequencing

测序技术发展现状

Illumina公司测序技术发展

高通量测序技术的基本思想

其他几个基本概念

基因测序主要流程

文库构建基本流程

文库构建的结果

Illumina平台测序核心区-流动槽

待测DNA片段进入流动槽

待测DNA片段固定过程，每条DNA片段形成“

一棵树桩”

待测DNA片段固定后，开启桥式扩增第一个循

环（形成“两种树桩”）

桥式扩增至第N个循环，形成“森林”

只保留每片森林中的一种“树桩”

单独片森林中的种“树桩”形成的放大展

示

同一片森林中的每个“树桩”开始同步测序

进行到第N个循环

“江山轮流做”--双端测序

以第二种“树桩”为模板的测序过程，双端测序完毕

测序原始数据-FASTQ格式

测序质量含义

测序质量评估

不同的应用选择不同的测序平台

DNA测序的主要类型

全基因组重测序

Wholegenomere-sequencing

全外显子捕获测序Exonsequencing

靶向捕获测序

Targetsequencing

全基因组V.S.全外显子V.S.靶向捕获

测序流程比较

单碱基及小片段变异SNV，Indel

DNA拷贝数变异CNV

DNA结构变异SV

DNA测序数据分析主要步骤

与基因组比对（Reads回贴）概念

与基因组比对的方法简介

SNV、Indel的鉴定

变异的几种形式

Germlinevariant：与生俱来的与参考基因组不同的基因组位点；

Somaticvariant：后天环境中新产生的基因组变异位点；

变异的几种形式

肿瘤基因组测序一个重要的概念

DNA拷贝数变异（CNV）

DNA测序鉴定CNV的原理举例

DNA结构变异（SV）

DNA测序鉴定SV的原理举例

DNA测序鉴定SV的软件举例-CREST

CNV与SV关系举例

DNA变异的注释---瓶颈

高通量测序技术的临床应用

l无创产前诊断

l遗传病诊断

l肿瘤诊断和治疗

l感染性疾病诊断

高通量测序技术的临床应用

无创产前诊断（Non-invasivePrenatalTesting，NIPT）

在NIPT中，目前应用比较成熟的技术为胎儿染色体非整倍

体诊断。通过全基因组重测序技术检测母亲血浆中胎儿游离DNA

,为唐氏综合征（21三体综合征），爱德华氏综合征（18三体

综合征），帕陶氏综合征（13三体综合征）的诊断提供更加准

确有效的诊断方法。同时避免了传统侵入性产前检测（如羊膜

腔穿刺，绒毛膜取样，脐带血取样等）给孕妇和婴儿带来的损

害。

高通量测序技术的临床应用

无创产前诊断流程：

所测序列与人类参考基因组比对

并统计分析

临床医师审核并

发送检验报告

采集孕妇血液分离血浆

构建DNA文库

高通量测序

高通量测序技术的临床应用

单基因遗传病的诊断

虽然通过传统的连锁分析和候选基因测序分析等策略，已经有约3000种单基因病的致病基因得以阐明，但仍对近4000种单基因病的病因不清楚。

•SLC26A3D652N纯合性错义突变，是先天性氯泄的致病基因

•根据基因突变，诊断为先天性氯泄

•后期临床随访的证据支持先天性氯