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甜瓜CmSULTR基因家族的全基因组鉴定与表达分析.docx

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甜瓜CmSULTR基因家族的全基因组鉴定与表达分析

甜瓜CmSULTR基因家族的全基因组鉴定与表达分析（1）．．．．．．．．．．．3

一、内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1甜瓜的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.2SULTR基因家族的介绍及其研究价值．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.3研究目的与问题提出．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

二、研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

2.1甜瓜基因组数据的获取与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.2SULTR基因家族的鉴定与筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.3生物信息学分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

三、甜瓜CmSULTR基因家族的鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

3.1基因家族的确定与特点分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

3.2家族成员的结构与功能域分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

3.3系统进化树的构建及分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

四、甜瓜CmSULTR基因家族的表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

4.1表达模式的时空差异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

4.2不同组织器官中的表达水平分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

4.3响应生物胁迫与非生物胁迫的表达变化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

五、讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

5.1甜瓜CmSULTR基因家族的表达模式与功能关系．．．．．．．．．．．．．．．19

5.2与其他物种SULTR基因家族的对比与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

5.3本研究的优点与局限性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

六、结论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

6.1研究成果总结．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

6.2对未来研究的建议与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

甜瓜CmSULTR基因家族的全基因组鉴定与表达分析（2）．．．．．．．．．．26

一、内容描述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

研究背景及意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

研究目的和任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

二、甜瓜基因组概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

甜瓜基因组特点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

基因组测序及组装情况．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

三、CmSULTR基因家族的鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

基因序列的获取与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

基因家族的鉴定与命名规则．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

基因家族成员的分类和特点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

四、CmSULTR基因家族的全基因组分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

基因家族在染色体上的分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

基因家族的拷贝数变异．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

五、CmSULTR基因家族的表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

表达模式的获取与分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．

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