序列数据库-核酸序列数据库.pptVIP

BLAST程序显示搜索结果三是实际的序列对准4四是检索中设定的参数及其它统计数据5它包括四个部分：1一是程序的介绍2二是一系列配对数据库序列的描述，从记分值高到低排列，一行描述一条序列34.BLAST服务的四种基本方法2网络版的BLAST3独立运行的BLAST1经由WWW使用的BLAST4电子邮件的BLAST序列数据库搜索流程检测序列（靶序列）服务器（NCBI、EBI）搜索程序（BLAST、FASTA）选择适合的BLAST程序选择适当的数据库分析输出结果4.2.5数据提交GenBank的数据来源主要有是科学家直接提交的数据和测序中心以序列表达标识EST或以大量的基因组记录形式成批发送的数据，最主要的来源是科学家直接提交的数据。目前常用的提交工具是NCBI设计的Bankit和Sequin等软件。Bankit壹它的提交方法是一种基于www的网络提交软件，使用方便而且速度快。贰BankIt是一系列表单，包括联络信息、发布要求、引用参考信息、序列来源信息、以及序列本身的信息等。叁用户提交序列后，会从电子邮件收到自动生成的数据条目，Genbank的新序列编号，以及完成注释后的完整的数据记录。数据库的提交原则不接受长度少于50bp的序列；不接受不含有内含子的基因组序列；不接受引物序列；不接受基因组和mRNA的混合序列等。不接受蛋白序列；0102030405输入提交核酸序列的长度，点击“NEW”按钮在原始表格中完整输入提交者和序列的基本信息及核酸序列数据检查草稿并修改可能出现的错误详细注释该记录的生物学特征的数目和类型，然后点击“ModifySubmission”按钮，返回表格，输入每个特征的详细情况，包括蛋白质翻译重复第三、第四的步骤，直到整个记录完成点击“ReviewandSubmit”按钮，检查最后的草稿点击“SubmittoGeneBank”按钮，发送提交序列数据大量的序列提交可以由Sequin程序完成。Sequin程序能方便的编辑和处理复杂注释，并包含一系列内建的检查函数来提高序列的质量保证。它还被设计用于提交来自系统进化、种群和突变研究的序列，可以加入比对的数据。在不同操作系统下运行的Sequin程序都可以在下载。此外，EST序列应通过EST数据库提交，EST序列的提交可以通过email方式，email地址:。4.2.6核酸数据库使用实例核酸序列的检索数据库核酸序列相似性搜索以NCBI网站的ENTREZ查询系统为例登陆NCBI网站选择Entrez进入Entrez主页选择检索的数据库(1)直接查找在查询框中键入检索词01例如输入“p53”02检索词可以是03GenBank接受编号、基因名、分类、关键词、注释信息、作者及文献题目等相关内容04如果一次查询多个序列信息，可输入多个基因接受编号05检索结果有若干条符合条件的序列。选择其中所需的序列，点击打开该序列的链接，得到序列的原始信息记录和注释。解读GenBank数据库序列文件的注释信息020103（2）根据基因名称以人血清白蛋白为例基因名：ALB4.2.3数据库的查询数据库查询是对数据库中的序列、结构、命名及注释信息进行关键词匹配查找。常用的数据库查询系统有美国NCBI开发的Entrez系统和EMBL开发的SRS（SequenceRetrievalSystem）系统。Entrez是基于Web界面的综合生物信息数据库检索系统。是NCBI提供的集成检索工具。利用Entrez系统，使用者可以检索Genbank的核酸数据，以及Genbank和其它数据库的蛋白质序列数据、基因组图谱数据、分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构数据、种群序列数据集、Medline的文献数据。Entrez所有操作都可以在网络浏览器上完成利用Entrez界面上提供的限制条件(Limits)检索历史(History)剪贴板(Clipboard)等功能实现各种复杂的检索查询工作Entrez系统具有三个特点Entrez是面向生物学家的数据库查询系统，其特点之一是使用十分方便。它把序列、结构、文献、基因组、系统分类等不同类型的数据库有机地结合在一起，通过超文本链接，用户可以从一个数据库直接转入另一个数据库。Entrez的另一个特点是把数据库和应用程序结合在一起。例如，通过“Relatedsequence”工具，可以直接找到与查询所得蛋白质序列同源的其它蛋白质。查询得到的蛋白质三维结构，可以通过在用户计算