微生物大数据分析与实践 教学大纲.docx

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《微生物大数据分析与实践》课程教学大纲

（理论课程）

一、课程基本信息

课程号

1223SDC08005

开课单位

中国科学院微生物研究所

课程名称

（中文）微生物大数据分析与实践

（英文）Microbialbigdataanalysisandpractice

课程性质

选修

考核类型

考查

课程学分

2

课程学时

34

课程类别

专业发展课程（专业拓展课）

先修课程

微生物学，生物化学、分子生物学、遗传学、生物信息学

适用专业（类）

生命科学菁英班

二、课程描述及目标

（一）课程简介

《微生物大数据分析与实践》课程是生命科学菁英班一门专业拓展课程，由中国科学院微生物研究所邀请著名专家开设。

微生物作为地球环境中的一大类生物群体，每种微生物都有其独特的功能。微生物学（microbiology）作为生物学的分支学科之一，在诸多领域都发挥着举足轻重的作用。近年来，随着测序技术的发展，对于微生物组学的研究持续火热，微生物存在于世界的各个角落，在医疗健康、环境治理、农业种植、工业生产等诸多领域发挥着举足轻重的作用。本课程将重点讲授微生物组学这一前沿领域的最新研究进展以及实际操作方法，邀请本领域内的著名专家，系统介绍微生物组学的概念、进展及发展趋势，结合专家本人的科学发现故事与科学研究体会，在专业知识和科学研究规律两方面讲授学科的前沿和科学研究的方法。

生命科学菁英班的学生在完成校内本科基础课及部分专业基础课后，具有一定的专业知识基础上，在中国科学院微生物研究所进行本门课程的学习。通过本课程的学习，学生能够获取和充分利用大数据分析的和技术。同时本课程对促进本科生的信息意识、信息价值、信息德道与信息安全等信息素质观念的形成与发展，提高学生学习、研究和创新能力，以便更好地适应当今信息化社会的需要，为将来从事生物技术相关研究及工作打下能力和技能基础。

（二）教学目标

课程目标1：掌握利用微生物大数据相关科学研究的方法、特征、原则及注意事项；

课程目标2：掌握微生物大数据信息的检索和获取技术；

课程目标3：能熟练运用基本的数据分析软件；

课程目标4：熟知国内和国际非商业数据平台和主流商业公司；

课程目标5：学生树立信息安全、数据安全的意识，具备全球化视野，共享科研数据，为数字化中国建设目标做贡献，适应数字化社会的各项要求。

三、课程目标对毕业要求的支撑关系

毕业要求指标点

课程目标

1-3：具有计算机及信息科学等方面的基础知识；

课程目标2-4

2-1：具有主动获取知识的能力

课程目标2-5

2-2：具有综合运用所掌握的理论知识和技能，从事生物技术及其相关领域科学研究的能力；

课程目标1-5

2-4：具有较好的表达交流能力，包括一定的外语应用能力和跨文化交流与合作能力

课程目标5

2-5：具有一定的计算机和信息技术应用能力

课程目标2-4

四、教学方式与方法

课堂上采取教师PPT多媒体演示，结合学生计算机操作的实践演示教学模式，以及设置问题以小组讨论或多媒体演示的方法，使学生掌握文献检索的途径、方法和步骤，并对问题展开科学分析，以提升学生的自我学习能力和创新能力。

五、教学重点与难点

（一）教学重点

微生物大数据分析的原理和技术

（二）教学难点

微生物大数据分析的实操技术

六、教学内容、基本要求与学时分配

序号

教学内容

基本要求

学时

教学

方式

对应课程目标

1

第1讲微生物基因组学

微生物基因组学是利用高通量测序技术对单株微生物（细菌、古细菌、真菌、病毒等）的基因组进行解析。利用生物信息学手段揭示微生物基因的组成、密码子使用频率，菌株之间的进化关系等。本章将讲授微生组基因组的概况、研究意义以及常规分析流程。

4

讲授

课程目标1

2

第2讲微生物转录组学

微生物转录组学是利用高通量测序技术对单株微生物（细菌、古细菌、真菌、病毒等）的转录组水平进行研究。本章将重点讲授微生物转录组的分析流程（主要包括：基因定量、差异表达分析、通路富集分析以及网络分析等）以及研究意义。

4

讲授

课程目标2

3

第3讲第三章微生物泛基因组学

微生物泛基因组是研究某一种微生物全部基因的组成以及环境等外部因素对于基因组成的影响。本章节将重点讲授泛基因组的基本概念（coregenome,dispensablegenomeandstrain-specificgenome）以及基本分析流程及思路。

4

讲授

课程目标3

4

第4章微生物耐药组学

抗生素耐药是全球性的公共卫生问题，耐药病原菌尤其是医院获得的耐药病原菌对人体危害极大，常常造成无药可用的境地。本章节将重点讲授细菌耐药组学的定义、常见耐药菌、耐药基因、以及携带耐药基因的可移动原件等。

2

讲授

课程目标4

5

第5章微生物数据分析常用分析软件

微生物