临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识.doc

临床分子病理试验室二代基因测序检测教授共识

近年二代基因测序（next-generationsequencing，NGS）技术快速发展，其应用已进展至临床检测，如遗传疾病、实体肿瘤、血液肿瘤、感染性疾病、人类白细胞抗原分析及非侵袭性产前筛查等。国内外关于学会已出台相关共识与指南以推进其在临床中应用。中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专委会前期组织病理、临床、生物信息等教授进行了充分讨论，拟在NGS操作流程、数据处理、结果解读等方面作规范和提议，以规范NGS在分子病理领域应用。

临床分子病理试验室NGS样本可采取甲醛固定石蜡包埋组织（formalin-fixedparaffin-embedded，FFPE）、新鲜组织、各种体液上清液、体液离心细胞块、石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。本共识特色是基于病理评定组织样本（FFPE、新鲜）规范。测序分析范围基于现在临床需求，本共识着重在于目标区域测序（panel）分析实践。伴随技术更新和应用成熟，本共识将连续更新以满足临床需求。

一、试验室总体要求

NGS检测试验室总体设计与要求应参考《分子病理诊疗试验室建设指南（试行）》、《医疗机构临床基因扩增检验试验室工作导则》、《个体化医学检测质量确保指南》、《肿瘤个体化治疗检测技术指南》、《个体化医学检测试验室管理方法》、《测序技术个体化医学检测应用技术指南（试行）》进行。

1.NGS检测人员资质要求：NGS检测技术人员应具备临床病理学、分子生物学相关专业大专以上学历，并经过NGS技术理论与技能培训合格。数据分析人员应具备临床医学或分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训。最终汇报应由中级或硕士以上具备病理学背景、经培训合格本单位执业医师或者授权签字人（医学博士学位或高级职称）审核。

2.NGS检测试验室区域设置要求：标准上NGS试验室应该有以下分区：样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕捉区/多重PCR区域（第一扩增区）、文库扩增区（第二扩增区）、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区。各工作区空气及人员流向需要严格按照《医疗机构临床基因扩增检验试验室工作导则》。分区可依照实际情况合并，不过在前处理和建库时，血液样本应与组织样本分开。

3.NGS检测试剂及项目要求：试剂和测序平台均应选择中国食品药品监督管理总局（CFDA）认可产品。包括到试验室自配试剂，应该有严格试剂制备标准操作规程（SOP），需经过临床试验室自建项目（LDT）验证合格才可使用。每个NGS检测项目在验证时需要依照建库方法、测序平台和分析工具以及不一样突变类型包含，单碱基突变singlenucleotidevariant，SNVs、小片段插入或者缺失（Indels）、基因拷贝数变异Copynumbervariations（CNVs）、染色体结构变异，structuralvariation（SVs）以及不一样样本类型（如FFPE组织、新鲜组织、全血、胸水等）对特定panel准确性、精准性、敏感性、特异性等性能参数进行LDT验证。应该有经过标准品测试在不一样mutantallelefrequencies（MAF）下，不一样测序深度灵敏度及特异性数据，确定不一样本可信测序深度。经验证后，SOP发生任何改动，包含试剂、仪器、基因项目等都需要重新做验证。验证试验结果署名留底立案。

4.NGS检测试验室质量管理要求：NGS检测主要包含试验操作和生物信息学分析两部分。试验操作部分包含样本准备、文库制备、编码（barcoding）、目标区域富集、测序等；生物信息学分析部分包含定位（mapping）、比对、变异识别、变异注释、变异解读及汇报等。上述流程均需要建立试验室质量管理体系文件和SOP及机器运行和维护SOP，具备严格室内质控方法；定时参加室间质评以有及连续质量确保和改进计划。

二、NGS分析样本、基因panel和转运要求

NGS分析样本类型可采取FFPE样本、新鲜组织、各种体液上清液、体液离心细胞块石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。

对于肿瘤体细胞变异首次NGS检测应首选经病理评定组织样本，在此数据基础上再次检测可选取液体样本动态监测。

NGS检测前需经过病理诊疗明确其肿瘤性质及含量，依照不一样肿瘤类型选择适宜基因panel测序。

不一样疾病基因panel列表，必须由临床与检测机构教授共同决定，已达成不一样试验室之间可比性和完善性。

未经病理评定基因检测结果不可单独用于分子病理临床诊疗目标。

样本质量对检测结果和分析至关主要，病理医师需要对可评定样本深入明确病理诊疗，并评价标本有没有出血、坏死和不利于核酸检测前处理（比如含HCl脱钙液处理），病变细胞（如肿瘤细胞）总量和百分比，防止假阴性。组织标本中肿瘤细胞含量提议达成20%以上，低于此标准可