系统生物学 第三讲 转录组学.pptxVIP

第三讲转录组学;主要内容;;;;;;;;;;;;;;小胞质RNA（scRNA/7s-RNA);;;;转移-信使RNA（tmRNA）;端粒酶RNA;反义RNA(antisenseRNA)，可通过与靶位序列互补而与之结合的RNA，或直接阻止靶序列功能,或改变靶部位构象而影响其功能。;RNA分析方法

;mRNA检测技术;;;B.WITEK-ZAWADA,2003;;;RT-PCR;;;转录组;转录组的特点：受到内外多种因素的调节，因而是动态可变的。能够揭示不同物种、不同个体、不同细胞、不同发育阶段及不同生理病理状态下的基因差异表达信息。;;;;;;什么是EST?

EST的应用

EST序列测定及分析过程;;EST的获得途径;;;;大规模EST序列测定的开始;;EST数量排名前10的物种;;;;;;利用ESTs大规模分析基因表达水平

因为EST序列是从某以特定的组织的cDNA文库中随机测序而得到，所以可以用利用未经标准化和差减杂交的cDNA文库EST分析特定组织的基因表达谱。标准化的cDNA文库和经过差减杂交的cDNA文库则不能反应基因表达的水平。

◆CGAP

为研究癌症的分子机理，美国国家癌症研究所NCI的癌症基因组解析计划(CancerGenomeAnatomyProject,CGAP)构建了很多正常的或是癌症前期的和癌症后期的组织的cDNA文库，并进行了大规模的EST测序，其中大部分的文库未经标准化或差减杂交处理。

◆基因表达系列分析(SerialAnalysisofGeneExpression,SAGE)

基因表达系列分析是一种用于定量，高通量基因表达分析的实验方法(Velculescuetal.,1995)。SAGE的原理就是分离每个转录本的特定位置的较短的单一的序列标签（约9-21个碱基对），这些短的序列被连接、克隆和测序，特定的序列标签的出现次数就反应了对应的基因的表达丰度。

◆DNA微阵列或基因芯片的研究

高密度寡核苷酸cDNA芯片或cDNA微阵列是一种新的大规模检测基因表达的技术，具有高通量分析的优点。在许多情况下，cDNA芯片的探针来源于3EST(Dugganetal.,1999)，所以EST序列的分析有助于芯片探针的设计。

;ESTs数据的不足;1993年前：EST收录于GenBank，EBI和DDBJ

1993年NCBI建立dbEST;常用的EST数据库;（1）dbEST（databaseofEST）;;（3）GeneIndices数据库;;去除低质量的序列（如使用Phred）

应用BLAST、RepeatMasker或Crossmatch屏蔽数据组中不属于表达基因的赝??序列(artifactualsequences)

●载体序列(/repository/vector)

●重复序列(RepBase，)

●污染序列(如核糖体RNA、细菌或其他物种的基因组DNA等)

去除其中的嵌合克隆

最后去除长度小于100bp的序列;聚类目的：将来自同一个基因或同一个转录本的具有重叠部分(over-lapping)的ESTs整合至单一的簇(cluster)中

聚类作用：

●产生较长的一致性序列(contigs)，用于注释

●降低数据的冗余，纠正错误数据。

●可以用于检测选择性剪切。

ESTs聚类的数据库主要有三个：

●UniGene(/UniGene)

●TIGRGeneIndices(/tdb/tgi/)

●STACK(http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html);;;;Cluster的连接;聚类问题;（3）序列注释和分析;;BLAST;BLAST简介;;;;Uniprot简介;UniProtKB/Swiss-Prot;;Uniprot注释途径;COG;;KEGG注释途径;;;;;;;;;SpottedMicroarrays

cDNAArrays

OligoArrays

;基因芯片的探针;;Experimentaloverview:;;Red–increaseofCy5sampletranscripts

Green–increaseofCy3sampletranscripts

Yellow–equalabundance;差异表达基因筛选;基因芯片或微阵列技术流程;高通量测序转录组研究策略;;;;TotalRNA样品检