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第62页,共111页,星期日,2025年,2月5日B:基因和分子序列等语义类型第63页,共111页,星期日,2025年,2月5日TOLLreceptor第64页,共111页,星期日,2025年,2月5日可作为生物武器的潜在病毒能够成为生物武器:致病性,传播性。同时涉及到病毒这两个特性的文章却特别少。A:病毒毒力遗传方面(virulence-genetic)C:病毒疾病传播力病毒的昆虫媒介传播(insectvectors)空气传播(air)在空气中的稳定性(stabilityofvirusesinair)通过与A和C有共同联系B找出更多符合条件的病毒。将得到的文献经过一些系列的处理,Arrowsmith列出了三个有意义的B-LIST(病毒的集合),通过进一步的统计学分析和查阅文献,最终找出相对有意义的病毒(B)第65页,共111页,星期日,2025年,2月5日发现科研机构间潜在的合作方向潜在合作方向美国斯坦福大学哥伦比亚大学医学信息学研究领域发现科研机构合作与交流的题目结果:更好地体现:相似点(可以合作之处)和不同点(可以相互交流、学习之处)内容详细、明确:能体现出研究所使用的具体方法和侧重点第66页,共111页,星期日,2025年,2月5日开放式的知识发现第67页,共111页,星期日,2025年,2月5日BITOLA
http://www.mf.uni-lj.si/bitola/输入单个的概念(疾病A),找到该概念的第一层相关概念并加以归类(药物B)。从第一层相关概念(药物B)出发,找到它们的相关概念,并加以归类(基因C)。检验基因和疾病是否有关联。如果没有,该基因与疾病有潜在的联系而且并没有文献报道。提示:与疾病、生理学反应或者其他表型相关的新基因、药物或者神经科学。第68页,共111页,星期日,2025年,2月5日BITOLA第69页,共111页,星期日,2025年,2月5日第70页,共111页,星期日,2025年,2月5日第71页,共111页,星期日,2025年,2月5日syk第72页,共111页,星期日,2025年,2月5日第73页,共111页,星期日,2025年,2月5日第74页,共111页,星期日,2025年,2月5日第75页,共111页,星期日,2025年,2月5日第76页,共111页,星期日,2025年,2月5日内容Swanson关联研究及其工具Arrowsmith的使用Bitola的使用用文献轮廓挖掘微阵列表达数据DamienChaussabelMedlineR第77页,共111页,星期日,2025年,2月5日运用文献轮廓
挖掘微阵列表达数据MiningmicroarrayexpressiondatabyliteratureprofilingDamienChaussabelMedlineR第78页,共111页,星期日,2025年,2月5日DamienChaussabel
AlanSherImmunobiologySection,LaboratoryofParasiticDiseases,NationalInstituteofAllergyandInfectiousDiseases,NationalInstitutesofHealth,Bethesda,MD20892,USAGenomeBiology2002,3(10):RESEARCH0055.第79页,共111页,星期日,2025年,2月5日目标建立一种挖掘技术该技术以对文献轮廓literatureprofiling的分析为基础文献轮廓:对于某一个主题(如某基因)而言,有相关文献集合对于该基因的文献集合,分析某些单词在文摘中出现的频次。第80页,共111页,星期日,2025年,2月5日文献轮廓基因B基因C基因A相关文献主题词1频次主题词2频次主题词3频次…………主题词n频次第81页,共111页,星期日,2025年,2月5日研究步骤检索文献分析文本过滤数据聚类分析第82页,共111页,星期日,2025年,2月5日1.检索文献从基因开始,分别找到与各种基因相关的论文标题中含有基因名字的论文。人类基因命名委员会(HumanGeneNomenclatureCommittee,HGNC):官方名称、缩写、别名/第83页,共111页,星期日,2025年,2月5日第84页,共111页,星期日,2025年,2月5日1.检索文献建立数据库包括HGN
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