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分子动力学模拟技术的核心要点及应用领域探讨

目录

内容概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1.1计算机模拟技术的发展历程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.1.2分子动力学模拟的兴起与优势．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

1.2分子动力学模拟的基本概念．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

1.2.1模拟原理概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

1.2.2系统建模与边界条件设置．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

分子动力学模拟的核心技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

分子动力学模拟的常用分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

3.1结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

3.1.1分子构型与距离分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

3.1.2晶体结构与非晶态结构．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

3.1.3固体表面与界面特性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

3.2动力学分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

3.2.1速度分布与温度关系．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

3.2.2动能与势能的转换．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

3.2.3韦尔奇比率的计算．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

3.3热力学性质计算．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

3.3.1焓、熵与自由能．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

3.3.2热容与相变过程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

3.3.3化学反应速率常数．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

分子动力学模拟的应用领域．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

4.1材料科学领域．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

4.1.1新型材料的分子设计与性能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

4.1.2材料表面结构与吸附行为．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

4.1.3固体缺陷与扩散过程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

4.2生物化学领域．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

4.2.1蛋白质结构与折叠动力学．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

4.2.2酶催化反应机理研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40

4.2.3药物分子与靶点相互作用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

4.3化学工程领域．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

4.3.1催化反应路径探索．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45

4.3.2流体混合与传递现象．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47

4.3.3多相催化反应动力学．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48

分子动力学模拟的局限性与发展趋势．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49

5.1模拟精度与计算效率的权衡．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51

5.2新技术发展与应用展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52

5.2.1超级计算与并行计算技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53

5.2.2机器学习与分子动力学结合．．．．．．