生物信息学9-基因预测.pdf

生物信息学

Bioinformatics

王鹏

生物信息学9-基因预测

5基因组学与基因预测

5.1基因组学

5.2基因预测

5.1基因组学

5.1.1基因组与基因组学

•概念；

•结构基因组学

•功能基因组学

•比较基因组学

5.1.2人类基因组计划

5.1.3基因组测序

遗传作图；物理作图；

测序方法；序列组装。

5.1.3基因组测序

作业

（将在学习通里发布）

在TAIR数据库中下载AtMPK4基因的

genomeDNA序列，通过相关的cDNA、CDS序

列信息查明并在genomeDNA序列上标注出

AtMPK4基因的起始密码子，终止密码子，

ORF,cDNA，CDS，5’-UTR，3’-UTR的起始终

止位置和长度，以及所有外显子、内含子的

数量，各自起始终止位置和长度。

（要求：可以在word里，用不同颜色在gDNA上标注不同结构

的范围，在起止位置可再另用一种颜色单独标出；还需用

文字写出，例如5’-UTR为120-195bp，EXON1为120-275bp

，CDS为196-1600bp等）

真核生物的基因结构示意图

ORF=gDNA(ATG-Stopcodons)

gDNA=Exons+Introns

cDNA=5’UTR+CDS+3’UTR

=Exons

5’UTR=?Exon(s)

真核基因剪接

真核基因剪接（splicing）：从DNA模板转录的

最初转录产物中除去内含子，并将外显子连接起

来形成一个连续的RNA分子的过程。

卵清蛋白基因DNA与其mRNA杂交图

数据库：TAIR

分子进化遗传分析工具MEGA

（MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis）

数据库：NCBI

数据库：NCBI

数据库：NCBI-GBFF

5.2基因预测

5.2.1核酸序列的基本分析

5.2.2基因识别

5.2.3表达序列标签分析

基因预测

为什么要进行基因预测?

核酸序列分析是生物信息学应用中的一个重要

方面。

基于已有知识所形成的核酸序列数据库以及在

此基础之上所形成的二级数据库对未知核酸序列的

分析及功能预测具有重要的参考价值。

在很多时候，往往通过一个简单序列相似性的

比较就可以对未知序列进行初步的功能预测，为后

续实验确定初步的研究方向。

5.2.1核酸序列基本分析

主要内容

•分子质量、碱基组成、碱基分布；

•序列变换；

•限制性酶切分析；

•重复序列分析。

5.2.1核酸序列基本分析

5.2.1.1分子质量、碱基组成、碱基分布

核酸序列的分子质量、碱基组成、碱基分布

等分析可通过一些常用软件如BioEdit，DNAMAN

等直接获得。

以DNAMAN软件进行核酸序列基本性质分析

为例，输出结果中Composition(组成）和

Percentage(百分比）一栏以及MolecularWeight(分

子质量）清楚地给出了关于该条序列的有关结果

。

5.2.1核酸序列基本分析

核酸序列基本性质分析示例

5.2.1核酸序列基本分析

5.2.1.2序列变换

进行序列分析时，经常需要对DNA序列进行

各种变换，例如反向序列、互补序列、互补反向