生物信息学12-蛋白结构与功能3.pdf

生物信息学

Bioinformatics

王鹏

生物信息学12-

蛋白质结构与功能预测3

上节回顾

•蛋白质结构数据资源；

•蛋白质二级结构预测的方法；

•蛋白质三级结构预测的方法及其准确率。

朊病毒（Prion）引起的疯牛病

思考

6蛋白质结构与功

能预测

6.1蛋白质基本性质预测

6.2蛋白质结构预测

6.3蛋白质功能的预测

6.3蛋白质功能的预测

6.3.1基于序列同源性的功能预测

6.3.2基于蛋白质信号功能预测

6.3.3基于非序列特征的功能预测

6.3蛋白质功能预测

6.3.1基于序列同源性分析的蛋白质功能预测

•利用序列相似性预测蛋白质功能几乎是

最早也是最直接的功能预测方法。

•其理论依据是当若干生物大分子由共同

的祖先分子进化而来时，它们往往在序列、

结构和生物学功能上具有相似性。

6.3蛋白质功能预测

6.3.1基于序列同源性分析的蛋白质功能预测

•Similarproteinsequences,determinedbyalignment,

mayalsosharefunctions.

6.3蛋白质功能预测

6.3.1基于序列同源性分析的蛋白质功能预测

例如：蛋白质A具有转录功能，蛋白质B

与A在氨基酸序列上同源（直系同源），因而

蛋白质B也具有转录功能。

蛋白质A

蛋白质BAB

转录活性转录活性

6.3蛋白质功能预测

6.3.1基于序列同源性分析的蛋白质功能预测

已经了解到神经纤维素nf1基因的突变

与遗传性的多发性神经纤维瘤Ⅰ型疾病有

关（neurofibromatosis1）；但关于该疾病

的分子机制知之甚少。

序列相似性分析发现NF1与酵母的IRAIRANF1

蛋白同源，该蛋白是一个GTP酶活性调控

蛋白(GTPaseactivatingprotein)，也已经知

调控GTP调控

道在酵母细胞中其调控GTP酶Ras的活性。

酶Ras活性GTP酶

推断:NF1在人细胞中可能调控Ras蛋活性？

白；然后进一步可以用生物实验加以验证。

6.3蛋白质功能预测

6.3.1基于序列同源性分析的蛋白质功能预测

预测思路

将未知功能的蛋白质序列作为查询序列，利

用序列比对算法，例如BLAST、PSI-BLAST、

PHI-BLAST、FASTA等，搜索已注释的蛋白质序

列数据库（如UniProt/SwissProt等），找出与查询

序列相似的序列，进而从相似序列的功能特性分

析外推查询序列的功能信息等。

6.3蛋白质功能预测

6.3.1基于序列同源性分析的蛋白质功能预测

预测方法

6.3.1.1应用BLAST搜索相似序列

6.3.1.2应用PSI-BLAST搜索相似序列

6.3.1.3应用PHI-BLAST搜索相似序列

6.3蛋白质功能预测

6.3.1基于序列同源性分析的蛋白质功能