生物信息学6-系统进化.pdf

生物信息学

Bioinformatics

王鹏

生物信息学6-系统进化

上节回顾

•什么是Clustal；

•掌握Clustal的使用方法；

•了解Clustal输出结果的使用；

3.3多序列比对基本知识

3.3.2多序列比对的方法——分类

•计算机程序自动比对——同步法

将序列两两比对时的二维动态规划矩阵扩

展到三维矩阵。即用矩阵的维数来反映比对的

序列数目。

这种方法的计算量很大，对于计算机系统

的资源要求比较高，一般只有在进行少数的较

短的序列的比对的时候才会用到这个方法。

3.3多序列比对基本知识

3.3.2多序列比对的方法——分类

•计算机程序自动比对——步进法

最常见的就是clustal所采用的方法。

其基本思想就是基于相似序列通常具有进

化相关性的这一假设。

3.4Clustal的应用

3.4.1多序列比对工具clustal简介

Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序

列比对工具，由HigginsD.G.等开发。

有应用于多种操作系统平台的版本，包括

linux版，DOS版的clustlw，windows版本的

clustalx等。

4分子系统发育分析

4.1系统发育基础

4.2构建系统发育树

4.1系统发育基础

➢基本概念

•系统发育（phylogeny）——是指物种形成或

进化的历史。

•系统发育学(phylogenetics)——研究物种之间

的进化关系。

•系统发育树（phylogenetictree）——表示形

式，描述物种之间进化关系。

4.1系统发育基础

4.1.1研究系统发育的方法

•经典进化生物学：比较形态、结构、化石。

NaturalHistoryofAnimals

4.1系统发育基础

4.1.1研究系统发育的方法

•经典进化生物学：比较形态、结构、化石。

始祖鸟化石复原图

4.1系统发育基础

4.1.1研究系统发育的方法

•经典进化生物学：比较形态、结构、化石。

•猛犸象大约生

活在距今480万

-1万年的时期，

是第四纪大冰

期时一种具有

代表性的生物，

是当时世界上

最大的象。

4.1系统发育基础

4.1.1研究系统发育的方法

•分子系统发育学：比较DNA和蛋白质序列。

2.7%difference

4.1系统发育基础

4.1.1研究系统发育的方法

•分子系统发育学：比较DNA和蛋白质序列。

4.1系统发育基础

4.1.2分子系统发育分析

◆分析基因或蛋白质的进化关系

◆构建系统发生（进化）树（phylogenetictree）

4.1系统发育基础

4.1.2分子系统发育分析——定义

分子系统发育分析是研究物种进化和系统

分类的一种方法，研究对象为携带遗传信息的

生物大分子序列，采用特定的数理统计算法来

计算生物间的进化关系。并用系统进化树，即

一种类似树枝状的图形来概括生物间的这种亲

缘关系。

4.1系统发育基础

4.1.2分子系统发育分析——理论基础