生物信息学13-蛋白组分析1.pdf

生物信息学

Bioinformatics

王鹏

生物信息学13-

蛋白质组分析1

基因组学

2001年，人类基

因组序列草图的完成

，宣告了“后基因组

时代”的到来，其主

体是功能基因组学（

functionalgenomics),

而蛋白质是基因功能

的执行体。

为何要研究蛋白质组？

•人类基因组计划的完成并不表明人类基因组

的所有基因及间隔序列已完全确定；

•基因组计划即使已确定某生物基因组内的全

部基因，也不能确定哪些基因在何时、何地、以

何种程度表达；

•生物的基因组只表达部分基因(30~80%)，表达

的基因类型及其表达程度随生物生存环境及内在

状态的变化而表现极大的差别；

为何要研究蛋白质组？

7蛋白质组分析

7.1蛋白质组基础知识

7.2二维凝胶电泳及数据分析

7.3蛋白质质谱及数据分析

7.4蛋白质互作

7.1蛋白质组基础

•蛋白质组及蛋白质组学的含义

•蛋白质组学研究的内容

•蛋白质组学对分析的挑战

•蛋白质组学的研究

7.1蛋白质组基础

蛋白质组的提出

•1994年，澳大利亚Macquarie大学的Wilkins和

Williams首先提出了蛋白质组（Proteome）的概念

，其定义为在一种细胞内存在的全部蛋白质。

“...theanalysisofcompletecomplementsofproteins.

Proteomicsincludesnotonlytheidentificationand

quantificationofproteins,butalsothedeterminationoftheir

localization,modifications,interactions,activities,and,

ultimately,theirfunction.“

(StanleyFields,UniversityofWashington,Seattle,in

Science,291,1221(2001))

7.1蛋白质组基础

蛋白质组及蛋白质组学的含义

•Proteome（蛋白质组）:Protein+Genome

•Genome:一个细胞或一个

生物体包含的所有遗传信息；

•Proteome：一种细胞/组织/

生物体某个时间段所包含的所

有蛋白质的存在形式及其活动

方式。

7.1蛋白质组基础

蛋白质组及蛋白质组学的含义

Proteomics（蛋白质组

学）：

从整体的角度，分

析细胞内动态变化的蛋

白质组成成分、表达水

平与修饰状态，了解蛋

白质之间的相互作用与

联系，揭示蛋白质功能

与细胞生命活动规律的

一个新的研究领域。aeukaryoticCell

Proteomicsincludesnotonlytheidentificationand

quantificationofproteins,butalsothedeterminationoftheir

localization,modifications,interactions,activities,and,

ultimately,theirfunction.

(StanleyFields,UniversityofWashington,Seattle,inScience,291,1221(2001))

7.1蛋白质组基础

蛋白质组学的研究远比基因组学研究复杂

（1）一个生物对象的蛋白质数量远大于基因数

量：如人的基因组有3-5万个基因而蛋白质则有30-