模式微生物基因组学.pptVIP

在另一个研究中，研究者分析了在好氧和厌氧条件下恒化培养的S.cerevisiae的基因组范围的转录图谱。观察到在好氧和厌氧条件下大多数酵母基因的表达图谱是相似的。为适应好氧条件，只有219个基因的转录加强了3倍以上；而为了适应厌氧条件，140个基因在转录水平上增强了3倍以上。第95页，共135页，星期日，2025年，2月5日⑶未知区域yolIJK，它编码了一个能够产生类似于aspartyl蛋白酶（YolJ）和二硫键氧化还原酶的基因。其他一些未知基因的mRNA的量在某些无氧条件下会优先得到显著提高。当B.subtilis在硝酸盐或亚硝酸盐上生长时，YkzH和ykjA基因能够得到高水平的转录。第63页，共135页，星期日，2025年，2月5日然而，ywcJ和yumD基因的转录水平在没有丙酮酸盐存在的发酵条件下，能够提高30－50倍。还有一些未知基因簇，yjlCD和yxxG-yxiM，能够在硝酸盐和亚硝酸盐异化还原过程中和没有丙酮酸盐的发酵生长过程中被负调节。尽管微阵列表达谱分析用于探究基因功能只是探索性的，但报道的结果至少能对以前没有注释功能类别的基因建议一些可能的功能。第64页，共135页，星期日，2025年，2月5日B．subbtilis中的硝酸盐和亚硝酸盐的信号基因表达谱是对narGHJI（硝酸盐还原酶）、narK（硝酸盐排出蛋白）、fnr（球状厌氧呼吸调节子）和hmp（生理功能未知的被公认的黄血色素），以及nasDEF（硝酸盐还原酶）、cydABCD（细胞色素氧化酶和ABC膜转运蛋白）、sbo-alb（一种未知蛋白subtilosin）、ywiD（生理功能未知）、ywiC（生理功能未知）的一种极好的诱导。第65页，共135页，星期日，2025年，2月5日在葡萄糖培养基中低效率发酵生长的特点是pdhAB（丙酮酸脱氢酶）表达量的减少和lctPE(L-乳酸透性酶和L－乳酸脱氢酶)表达量的显著增加。整体转录谱（globaltranscriptionalprofiling）显示B.subtilis中控制厌氧呼吸的调控线路是动态的和复杂的，在这个调控线路中还包含了一些特定专门调节硝酸盐厌氧呼吸的基因和另一些在发酵生长中发挥根本性影响的基因。第66页，共135页，星期日，2025年，2月5日孢子形成历史上，科学家们之所以对B.subtilis如此的感兴趣以至于将它作为一种实验模式生物，很大程度上是因为这种细菌可以经历孢子形成的过程，而这种过程往往是对饥饿的高度特化的适应性反映。在细菌中，孢子形成代表了一种相对简单的实验可追踪的发育过程，它能导致细胞结构的转变。第67页，共135页，星期日，2025年，2月5日由于孢子形成是一个复杂的分化过程，所以它需要一个错综复杂的转录调控系统去协调基因表达和复杂的形态变化。这一过程需要一系列受到多重调控的δ转录因子的活性。经过许多实验室的数十年的研究，和孢子形成有关的主要基因已经被分离和鉴定，其中包括控制B.subtilis进入孢子形成的转录活化蛋白和抑制蛋白Spo0A。第68页，共135页，星期日，2025年，2月5日图：对微阵列得到的586个Bacillussubtilis基因的转录图谱进行分级分析，这些基因的表达水平依赖于Spo0A。具有相似表达图谱的基因归为一类。如图所示，这些基因共分为三大类：（1）依赖于Spa0A但是不依赖于σF表达的基因；（2）表达受到Spo0A阻遏的基因（3）受σF控制或者一些能够形成孢子的下游转录因子控制的基因。每一大类的代表基因均在图右侧表明。红色和绿色分别代表高低不同的mRNA表达水平。第69页，共135页，星期日，2025年，2月5日3.3B.subtilis蛋白组学一些研究小组通过建立二维的蛋白图谱精确定位物理位置，已经得到了B.subtilis基因表达的特殊模式。下面着眼于产孢B.subtilis细胞胞外蛋白和在外力诱导蛋白的分析，并介绍蛋白质组是如何提高我们对整体细胞的认识。第70页，共135页，星期日，2025年，2月5日胞外蛋白组像土壤微生物那样，B.subtilis及其相关的种分泌大量的蛋白，主要是降解酶，它们保证细菌可以从广泛的底物中吸取营养物质从而可以在复杂的连续变化的环境中生存。另外，真细菌的分泌蛋白还有其他重要的机能，比如，细胞之间的互相交流，解除环境毒素，或者降低竞争者的数量。第71页，共135页，星期日，2025年，2月5日B.subtilis胞质蛋白的二维图谱显示在对数生长期大多数的蛋白是由那些在糖酵解，三羧酸循环，氨基酸的生物合成，翻译和蛋白量的控制中保守的持家基因所分泌的。第72页，共135页，星期日，2025年，2月5日整体的数据