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二代测序数据分析简介.pptx

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二代测序数据分析简介童春发

01重测序的原理及流程02数据结构与质量评估03SRA数据库及数据获取04Bowtie2、BWA和SAMtools软件使用主要内容

重测序的原理及流程

Fastq格式01FastQC02数据结构与质量评估

PARTONEhttp://

AFASTQfilecontainingasinglesequencemightlooklikethis@SEQ_IDGATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT+!*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*))**55CCFCCCCCCC65

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WithCasava1.8

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QualityAqualityvalueQisanintegermappingofp(i.e.,theprobabilitythatthecorrespondingbasecallisincorrect).Phredqualityscore:TheSolexapipeline(i.e.,thesoftwaredeliveredwiththeIlluminaGenomeAnalyzer)earlierused010302

Quality

EncodingSangerformatcanencodeaPhredqualityscorefrom0to93usingASCII33to126Illuminasnewestversion(1.8)oftheirpipelineCASAVAwilldirectlyproducefastqinSangerformatSolexa/Illumina1.0formatcanencodeaSolexa/Illuminaqualityscorefrom-5to62usingASCII59to126StartingwithIllumina1.3andbeforeIllumina1.8,theformatencodedaPhredqualityscorefrom0to62usingASCII64to126StartinginIllumina1.5andbeforeIllumina1.8,thePhredscores0to2haveaslightlydifferentmeaning

AmericanStandardCodeforInformationInterchange(ASCII)

FastQC

BasicStatisticsFiletype ConventionalbasecallsEncoding Sanger/Illumina1.9TotalSequences 3992798FilteredSequences 0Sequencelength 100%GC 37

PerBaseSequenceQualitThecentralredlineisthemedianvalue?Theyellowboxrepresentstheinter-quartilerange(25-75%)?Theupperandlowerwhiskersrepresentthe10%and90%points?Thebluelinerepresentsthemeanquality

PerSequenceQualityScoresAwarningisraisedifthemostfrequentlyobservedmeanqualityisbelow27-thise

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