木荷SNP标记开发及遗传多样性分析.pdfVIP

分子植物育种，2024年，第22卷，第4期，第1143-1150页

MolecularPlantBreeding2024Vol.22,No.4,1143-1150

研究报告

ResearchReport

木荷SNP标记开发及遗传多样性分析

冯志恒！林艳！许金文？

吕欣欣！黄少伟*

1华南农业大学林学与风景园林学院，广州，510642；2广东省英德市林业科学研究所，英德，513000

*通信作者，shwhuang@

摘要为了开发木荷(Schimasuperba)基因组的SNP位点，并基于SNP分子标记技术，从DNA分子水平上

揭示木荷种质资源遗传多样性和变异规律。本研究选取广东、福建和江西三省的15个群体(种源)、共179个木

荷单株为研究材料，采用限制性酶切位点关联DNA测序(RAD-seq)技术，最终获得SNP多态性位点16383个，

并利用软件分析其遗传多样性和遗传结构。对179个木荷单株进行分析，观察杂合度(Ho)平均值为0.0741;

期望杂合度(He)平均值为0.293。对15个木荷群体进行分析，观察杂合度(Ho)平均值为0.074;期望杂合度

(He)平均值为0.247；群体间遗传距离(d)PPL)

为57.93%；各群体的多态信息含量(PIC)

中度多态性。通过对15个木荷群体进行遗传结构分析、主成分分析和聚类分析，将15个木荷种源大致分为

四类。木荷基因组中SNP位点丰富，多态性呈中等偏上，具有较为丰富的遗传多样性，SNP分子标记在木荷

的良种选育、增加遗传增益和缩短育种周期等各方面有潜在价值。

关键词木荷；SNP；分子标记开发；遗传多样性

SNPMarkersDevelopmentandGeneticDiversityAnalysisofSchimasu-

perba

LuXinxinIIHuangShaowei1*

FengZhihengLinYanXuJinwen?H

1SouthChinaAgriculturalUniversity,CollegeofForestryandLandscapeArchitecture,Guangzhou,510642;2YingdeInstituteofForestry,Yingde,

513000

*Correspondingauthor,shwhuang@

DOI:10.13271/j.mpb.022.001143

10.1571/j.mpb.022.001143

AbstractDeveloptheSNPlocusofSchimasuperba,andbasedonSNPmolecularmarkertechnology,revealthe

geneticdiversityandvariationofSchimasuperbagermplasmresourcesattheDNAmolecularlevel.Inthisstudy,

15populations(provenances)inGuangdong,Fujian,andJiangxiprovinceswereselectedastheresearchmaterials,

andatotalof179SchimasuperbaindividualplantswereselectedforRestriction-siteassociatedDNAsequencing

(RAD-seq).Finally,16383SNPpolymorphiclociwereobtained,andusebioinformaticsanalysissoftwaretoana-

lyzegeneticdiversityandgeneticstructure179individualSchimasuperbaplantswereanalyzed,andtheaverage

observedheterozygosity(Ho)w