紫花羊耳蒜SNP标记开发及居群遗传多样性分析.pdfVIP

北园

NorthernHorticulture·中草药

2023(21):101-108

doi:10.11937/bfyy

崔学强，邓杰玲电油长紫花羊耳蒜SNP标记开发及居群遗传多样性分析2023(21):101-108.

紫花羊耳蒜SNP标记开发及

居群遗传多样性分析

崔学强，邓杰玲，黄昌艳，张自斌

（广西壮族自治区农业科学院花卉研究所，广西南宁530007）

摘要：以广西乐业县4个紫花羊耳蒜地理居群共44份样本为试材，采用特异性位点

扩增片段测序（SLAF-seq)方法开发了紫花羊耳蒜SNP标记，利用开发的标记研究了紫花

羊耳蒜不同地理居群间的遗传多样性及亲缘关系，以期为紫花羊耳蒜的开发利用及野生居

群保护提供参考依据。结果表明：测试样本共获得152MbCleanReads数据，各样本Reads

数据在2098129～5169592。样本平均GC含量为35.67%，平均测序质量值Q30为

94.19%。通过测序数据分析，共获得1428438个SLAF标签，标签的平均测序深度为

13.12X，其中具多态性的SLAF标签有210148个。共开发得到574866个群体SNP标

记，每个样本的SNP标记数目介于232156～420019，SNP标记完整度40.38%～

73.06%，杂合率为2.51%～5.47%。对群体SNP过滤，共获得52450个高度一致性的有

效SNP标记。使用相关软件计算遗传多样性指数，平均最小等位基因频率（MAF）为

0.3146；平均观察杂合度（Ho)为0.1601；平均Neis基因多样性指数（H)为0.4368；平均

多态性信息含量（PIC)为0.3126；平均Shannon多样性信息指数（I)为0.5808，表明紫花

羊耳蒜居群间遗传多样性较丰富。利用筛选获得的SNP标记构建系统发育进化树，44份

紫花羊耳蒜样本资源被分为4个类群，分析发现居群的遗传多样性及聚类结果与其生长海

拔高度有一定相关性。

关键词：紫花羊耳蒜；SLAF-seq；SNP标记；居群；遗传多样性

中图分类号：S682.31文献标识码：A文章编号：1001—0009(2023)210101—08

羊耳蒜属（LiparisRich.）隶属于兰科（Or-带及温带地区，但主要以热带区域为主[1]。中国

chidaceae），全属约有400余种，广布于全球的热是羊耳蒜属植物资源丰富的国家，共有原生种

71种和1变种，其中26种为我国特有种[2]，在我

第一作者简介：崔学强（1991-），男，硕士，助理研究员，现国台湾、福建、云南、广西和海南等地区分布较多。

主要从事兰科植物分子育种等研究工作。E-mailyncuix-

羊耳蒜属植物是中国民间传统中药材，多种羊耳

ueqiang@126.com.

责任作者：张自斌（1978-），男，博士，副研究员，现主要从蒜植物皆具药用价值[3-4]。紫花羊耳蒜具有较高

事兰科植物分子育种等研究工作。E-mail：candoul54

的观赏价值和药用价值，全株皆可入药，有促进血

126.com.液循环、除湿和排毒的功效[5]。紫花羊耳蒜

基金项目：广西自然科学基金资助项目（Liparisgigantea）是羊耳蒜属的地生物种，分布

（2020GXNSFAA297090）；广西重点研发计划资助项目

于台湾、广东、海南、广西、贵州、云南和西藏东南

（桂科A；广西农业科学院基本科研业务专项

资助项目（桂农科2021YT133）。部，常生长于常绿阔叶林下或