结核分枝杆菌RpfB及RpfE蛋白的生物信息学分析.pdfVIP

１０６微生物学杂志２０２５年２月第４５卷第１期ＪＯＵＲＮＡＬＯＦＭＩＣＲＯＢＩＯＬＯＧＹＦｅｂ.２０２５Ｖｏｌ.４５Ｎｏ.１

结核分枝杆菌ＲｐｆＢ及ＲｐｆＥ蛋白的生物信息学分析

１ꎬ２３１１∗

杨雨婷ꎬ杨国平ꎬ王艳ꎬ龚丽坤

(１.楚雄州中医医院检验科ꎬ云南楚雄６７５０００ꎻ２.楚雄州彝族医药研究院ꎬ云南楚雄６７５０００ꎻ

３.大理大学基础医学院医学微生物学及免疫学教研室ꎬ云南大理６７１０００)

摘要运用生物信息学方法预测ＲｐｆＢ和ＲｐｆＥ蛋白的生物学特性及抗原表位ꎬ并分析其作为新型结核疫苗

候选抗原的潜力ꎮ从ＮＣＢＩ数据库中获取Ｒｖ１００９、Ｒｖ２４５０ｃ基因的碱基序列ꎬ从Ｕｎｉｐｒｏｔ数据库中获取Ｒｖ１００９

基因编码蛋白ＲｐｆＢ及Ｒｖ２４５０ｃ基因编码蛋白ＲｐｆＥ的氨基酸序列ꎬ运用生物信息学分析软件ＯＲＦｆｉｎｄｅｒ、Ｐｒｏｔ￣

Ｐａｒａｍ、ＰｒｏｔＳｃａｌｅ、ＴＭＰＲＥＤ、ＴＭＨＭＭ、ＳｉｇｎａｌＰ５.０、ＮｅｔＮＧｌｙｃ１.０、ＹｉｎＯＹａｎｇ１.２、ＮｅｔＰｈｏｓ３.１、ＳＴＲＩＮＧ、ＳＯＰＭＡ、

ＳＷＩＳＳ￣ＭＯＤＥＬ、ＤＮＡＳｔａｒ、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ、ＮｅｔＣＴＬ１.２及ＮｅｔＭＨＣＩＩｐａｎ４.０对ＲｐｆＢ及ＲｐｆＥ蛋白的理化性质、亲疏

水性、结构、信号肽、糖基化/磷酸化位点、跨膜结构、互作蛋白及抗原表位进行分析ꎮ结果表明ꎬＲｖ１００９基因全

长１０８９ｂｐꎬ有５个开放阅读框ꎬ其编码蛋白ＲｐｆＢ由３６２个氨基酸组成ꎬ为含有信号肽的疏水性跨膜蛋白ꎬ其

二级结构以无规则卷曲为主ꎬ该蛋白含有１个Ｎ￣糖基化位点、２９个磷酸化位点、８个优势ＣＴＬ细胞抗原表位、

１４个优势Ｔｈ细胞抗原表位及１０个优势Ｂ细胞抗原表位ꎻＲｖ２４５０ｃ基因全长５１９ｂｐꎬ有１个开放阅读框ꎬ其编

码蛋白ＲｐｆＥ由１７２个氨基酸组成ꎬ为含有信号肽的亲水性蛋白ꎬ无跨膜结构ꎬ其二级结构以无规则卷曲为主ꎬ

该蛋白含有２个Ｎ￣糖基化位点、９个磷酸化位点、４个优势ＣＴＬ细胞抗原表位、６个优势Ｔｈ细胞抗原表位及７

个优势Ｂ细胞抗原表位ꎮＲｐｆＢ及ＲｐｆＥ蛋白具有较好的免疫原性及多个优势Ｔ、Ｂ细胞抗原表位ꎬ可作为Ｍｔｂ

多肽疫苗研制的候选优势蛋白ꎮ

关键词结核分枝杆菌(ＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓꎬＭｔｂ)ꎻＲｐｆＢꎻＲｐｆＥꎻ生信分析ꎻ抗原表位ꎻ多肽疫苗

中图分类号Ｑ９３６文献标识码Ａ文章编号１００５－７０２１(２０２５)０１－０１０６－１１

ｄｏｉ:１０.３９６９/ｊ.ｉｓｓｎ.１００５－７０２１.２０２５.０１.０１２

ＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＲｐｆＢａｎｄＲｐｆＥＰｒｏｔｅｉｎｓｏｆ

Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ

１ꎬ２３１１∗

ＹＡＮＧＹｕ￣ｔｉｎｇꎬＹＡＮＧＧｕｏ￣ｐｉｎｇꎬＷＡＮＧＹａｎꎬＧＯＮＧＬｉ￣ｋｕｎ

(１.Ｃｌｉｎ.Ｌａｂ.ｏｆＴｒａｄ.ＣｈｉｎｅｓｅＭｅｄ.Ｈｏｓｐ.ｏｆＣｈｕｘｉｏｎｇꎬＣｈｕｘｉｏｎｇ６７５０００ꎻ

２.ＣｈｕｘｉｏｎｇＹｉＮａｔｉｏｎａｌｉｔｙＭｅｄ.Ｒｅｓ.Ｉｎｓｔ.ꎬＣｈｕｘｉｏｎｇ６７５０００ꎻ

３.Ｔｅａｃｈ.＆Ｒｅｓ.Ｄｉｖ.ｏｆＭｅｄ.Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ.＆Ｉｍｍｕｎｏｌ.ꎬＳｃｈｌ.ｏｆＢａｓｉｃＭｅｄ.ꎬＤａｌｉＵｎｉ.ꎬＤａｌｉ６７１０００)

ＡｂｓｔｒａｃｔＵｓｉｎｇｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｍｅｔｈｏｄｓｔｏｐｒｅｄ