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488细胞与分子CellMoln202440(6）

论著

糖尿病肾脏病免疫相关转录因子的生物信息学分析

2*

刘莉，杨娇娇，任建民

（枣庄市市中区人民医院内分泌科，山东枣庄277100；²山东大学齐鲁医院内分泌科，山东济南250012）

[摘要]

目的通过生物信息学方法分别对糖尿病肾病（患者肾小球与肾小管病变的转录组学进行分析，筛选关键的免

DKD)

疫相关转录因子。方法下载基因表达数据集（GEO）数据库GSE30528、GSE30529数据集与Karolinska肾脏研究中心转录组测

序(RNA-seq）数据集。通过基因集富集分析（GSEA)明确DKD肾小球与肾小管免疫基因表达有无差异。应用R软件limma包

和DEseq2包分别对芯片数据及RNA-seq数据进行差异分析，提取其中差异表达的免疫基因及转录因子，通过共表达分析获取

免疫相关转录因子。应用蛋白质相互作用的STRING数据库及Cytoscape软件构建转录因子与免疫相关基因的蛋白质互相作用

网络（PPI）。最后通过肾基因表达分析工具Nephroseq数据库分析关键的免疫相关转录因子与临床病理参数的相关性。结果

与正常对照组织相比，DKD肾小球和肾小管组织免疫基因有明显的表达差异。通过差异分析及共表达分析方法，肾小球转录

组共得到50个免疫基因及9个免疫相关转录因子；肾小管转录组共得到131个免疫基因及41个免疫相关转录因子。PPI网络

中，肾小球关键的免疫相关转录因子为干扰素调节因子8（IRF8）、乳运铁蛋白（LTF）、CCAAT/增强子结合蛋白α（CEBPA）、

Runt相关转录因子3（RUNX3），肾小管关键的免疫相关转录因子为FBJ小鼠骨肉瘤病毒癌基因同源蛋白B（FOSB）、核受体亚

家族4A组成员1（NR4A1）、IRF8与信号转导子及转录激活子1（STAT1），以上转录因子均与肾小球滤过率（GFR）呈显著相关

性。结论生物信息学分析获得了DKD发病与免疫调节异常相关的可能基因，进一步验证这些基因的表达及功能有助于DKD

的免疫治疗研究。

【关键词］糖尿病肾病；生物信息学；免疫；转录因子；肾小球滤过率

[文献标志码]］A

[中图分类号］R587.2，Q811.4，R692，R392.1

Bioilse

nformaticanalysisofimmune-relatedtranscriptionfactorsindiabetickidneydiseas

LIULi,YANGJiaojiao*,RENJianmin?*

DepartmentofEndocrinology,ZaozhuangCentralDistrictPeoplesHospital,Zaozhuang277100;2DepartmentofEndocrinology,Qilu

HospitalofShandongUniversity,Jinan250012,China

*Correspondingauthor,E-mail:renjianmin@email.sdu.edu.cn

[Abstract]ObjectiveToidentifyimmune-relatedtranscriptionfactors(TFs)inrenalglomeruliandtubulesfromdiabetic

kidneydiseasesGeneexpressiondatasetsfromGEO（GSE30528,

GSE30529)andRNAsequencing(RNA-seq)datafromtheKarolinskaKidneyRes