生物信息分析验证基于lncRNA标签预测HPV阴性头颈部鳞状细胞癌患者总生存率.pdfVIP

第42卷第2期中国医学物理学杂志Vol.42No.2

2025年2月ChineseJournalofMedicalPhysicsFebruary2025--261261--

DOI:10.3969/j.issn.1005-202X.2025.02.019医学生物信息

生物信息分析验证基于lncRNA标签预测HPV阴性头颈部鳞状细

胞癌患者总生存率

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黄宇，杨博，李伟忠

1.南方医科大学南方医院口腔颌面外科，广东广州510000；2.南方医科大学南方医院口腔综合科，广东广州510000

【摘要】目的：采用生物信息分析方法研究影响HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者总生存率的相关因素，为

HNSCC患者的预后预测及治疗提供依据。方法：从TCGA数据库获取HPV阴性HNSCC患者的病变组织和癌旁组织的

原始RNA测序数据以及相应病人的临床信息，SurvivalR工具包对所有差异表达的长链非编码RNA（lncRNA）进行单变

量Cox回归分析，使用JAVA程序，利用MSigDBC2经典通路基因集集合进行基因集富集分析，采用LASSO方法的Cox

回归对数据降维和模型构建，计算每个患者的风险评分。结果：研究发现153个lncRNA与HPV阴性HNSCC患者的总生

存率显著相关，时间依赖性分析表明，13个lncRNA特征在训练集中具有良好的预测性能，多变量Cox回归和分层分析表

明，基于13-lncRNA标签的风险评分可作为HPV阴性HNSCC患者的独立预后因素。结论：13-lncRNA标签可能是HPV

阴性HNSCC预后的新型独立生物标志物。

【关键词】头颈部鳞状细胞癌；长链非编码RNA；人乳头瘤病毒；生存率；生物信息分析

【中图分类号】R318；R739.8【文献标志码】A【文章编号】1005-202X（2025）02-0261-08

BioinformaticanalysisvalidateslncRNAsignatureasapredictorofoverallsurvivalinpatients

withHPV-negativeheadandnecksquamouscellcarcinoma

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HUANGYu,YANGBo,LIWeizhong

1.DepartmentofOralandMaxillofacialSurgery,NanfangHospital,SouthernMedicalUniversity,Guangzhou510000,China;2.Department

ofStomatology,NanfangHospital,SouthernMedicalUniversity,Guangzhou510000,China

Abstract:ObjectiveToinvestigatethefactorsaffectingtheoverallsurvivalinpatientswithHPV-negativeheadandneck

squamouscellcarcinoma(HNSCC)bybioinformaticsanalysis,therebyprovidingevidencefortheprognosispredictionand

therapyinHNSCC.MethodsTherawRNAsequencingdataoftheprimarytumorandadjacenttissueofHPV-negative