生物信息学第六章蛋白质结构预测及分子设计.pptVIP

二、信号肽分析信号肽：指分泌蛋白表达时氨基端（N-，有时不在N端）的20余个氨基酸，将引导该蛋白质最终分泌到细胞外，但这段信号肽会被信号肽酶切掉，所以成熟的分泌蛋白是不含这段信号肽的。信号肽可以指导蛋白质的跨膜转移。信号肽预测工具：SignalPserver（http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/）第28页，共64页，星期日，2025年，2月5日第29页，共64页，星期日，2025年，2月5日第30页，共64页，星期日，2025年，2月5日三、蛋白质二级结构分析（α螺旋、β折叠）蛋白质二级结构及类型二级结构取决于氨基酸侧链结构，由氢键形成1、α螺旋(helix)：4-40aa2、β折叠(sheet)：5-10aa，平行或反平行(C,N端方向一致或相反)3、转角(turn)4、无规则卷曲(randomcoil)第31页，共64页，星期日，2025年，2月5日工具网站备注BCMSearchLauncher/包括了常见的蛋白质结构分析程序入口，一般分析可以以此服务器作为起点Profhttp://www.aber.ac.uk/~phiwww/prof/基于多重序列比对预测工具PSIpredhttp://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/psiform.html提供跨膜蛋白拓扑结构预测和蛋白profile折叠结构识别工具nnPredict/~nomi/nnpredict.html预测蛋白质序列中潜在的亮氨酸拉链结构和卷曲螺旋PredictProtein/提供多项蛋白质性质分析，并有较好准确性PREDATORhttp://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/predator-simple.html预测时考虑了氨基酸残基间的氢键蛋白质二级结构分析工具第32页，共64页，星期日，2025年，2月5日PredictProtein(/)可以获得功能预测、二级结构、基序、二硫键结构、结构域等许多蛋白质序列的结构信息。该方法的平均准确率超过72%，最佳残基预测准确率达90%以上。因此，被视为蛋白质二级结构预测的标准。用户需要注册ID、验证E-mail后，才能使用PredictProtein工具。第33页，共64页，星期日，2025年，2月5日如何使用PredictProtein工具第34页，共64页，星期日，2025年，2月5日第35页，共64页，星期日，2025年，2月5日将protein.txt蛋白质序列粘贴在文本框中分析方法重要的算法：PROFsec（α螺旋，β折叠等基本二级结构预测）PHDhtm（典型跨膜螺旋区预测）ProSite（特征Motif识别方法）第36页，共64页，星期日，2025年，2月5日结果名称说明SecondaryStructure蛋白质二级结构预测Transmembrane典型跨膜螺旋区预测CoiledCoils卷曲螺旋预测Lowcomplexitysegments低复杂区域识别Non-OrdinarySecondaryStructure非典型二级结构预测Localization蛋白质定位预测DisulphideBonds二硫键位置预测Trans-MembraneBeta-Barrelβ-桶状跨膜区预测（细菌）ProteinDisorder蛋白质结果无序性分析AmbivalentSwitches识别构象变化的氨基酸Protein-Proteinbinding蛋白质-蛋白质结合位点识别Protein-DNAbinding蛋白质-DNA结合位点识别Globular球状蛋白预测结果Prosite基序（Motif）识别和分类AlignmnetPSI-BLAST分析第37页，共64页，星期日，2025年，2月5日PROSITE中的ID号Motif名称Motif模式提交序列中出现该Motif的位置ProSitemotif搜索结果第38页，共64页，星期日，2025年，2月5日置信度二硫键位置二硫键位置预测结果第39页，共64页，星期日，2025年，2月5日PHD跨膜螺旋区预测结果跨膜螺旋区非跨膜螺旋区第40页，共64页，星期日，2025年，2月5日PROF二级结构预测结果螺旋结构片层结构无规则卷曲第41页，共64页，星期日，2025年，2月5日四、蛋白质结构域预测结构域（StructuralDomain）是蛋白序列的功能、结构和进化单元。结构域通常都是几个超二级结构单元的组合，即