蛋白折叠及折叠中间体的研究.pptVIP

抹香鲸肌红蛋白的水化水化位置（蓝，实验），水化数密度最大值（黄，MD模拟）*现在是30页\一共有57页\编辑于星期五肌红蛋白周围溶剂数的3D密度分布，由MD轨迹切片计算得到。溶剂密度由肌红蛋白的平均结构覆盖。等密度线：0.005（蓝），0.01（绿），0.02（黄），0.035（红）（a）由模拟结果得到（b）由模型预测*现在是31页\一共有57页\编辑于星期五由MD模拟得到的DNA周围的溶剂化密度。最大值（实线）和最小值（虚线）黄点为X射线分析结果。二者符合良好。*现在是32页\一共有57页\编辑于星期五生物膜与双分子脂质层最近10年，计算机模拟已经深入到能够认识生物膜性质的水平，包括DNA与脂质体的相互作用、形成微孔的跨膜肽对脂质体环境的影响、以及挥发性麻醉分子的分配等。这些模拟中，所有的原子都是受限在小于10nm的空间内，这个模型搭起了全原子细节与介观区域之间的桥梁。以磷脂体中的麻醉剂分子为例进行了研究。DNA与脂质体混合物作为重要的生物物质，是因为它们是基因的携带者。*现在是33页\一共有57页\编辑于星期五MD模拟5.5ns后DMPC（中性脂质体）/DMTAP（阳离子脂质体）与DNA的联合体构型。（a）垂直于DNA轴（b）平行于DNA轴。DNA和脂质体的“头”P、N用球表示，“尾（疏水链）”用棍表示。各原子的颜色：N,蓝色；O,红色；P,黄色;C（DNA）,灰色；C（脂质体）,绿色；H,暗灰色。*现在是34页\一共有57页\编辑于星期五形成微孔的跨膜肽对脂质体环境的影响。5_M2-DMPC的构型。MD模拟2ns后。脂质体分子用球和棍表示。头端的N和P原子用蓝色和黄色的球表示。各原子的颜色：M2螺旋的N,蓝色；O,红色；C,灰色；S,黄色。*现在是35页\一共有57页\编辑于星期五两种麻醉剂分子进入双磷脂层的分配情况。MD模拟2ns后的构型。水分子和SDPC用球棍模型表示，脂质体中的N和P原子表示为蓝色和绿色的球。F,黄色；Cl,亮绿色；Br,暗绿色；H,灰色。*现在是36页\一共有57页\编辑于星期五离子通道离子通道允许无机金属离子选择性地穿过膜脂质层。通过基于原子模型和外部溶剂与膜脂质体之间的微观相互作用的MD模拟，使我们得以窥探到这类复杂体系的内部过程，允许人们在微观水平上观察离子的渗入（透过）。在过去的近十年中，随着计算方法的改进，短杆菌肽A离子通道的模拟研究从较简单的仅含有蛋白质和少数水分子的模型过渡到复杂的含有大的生物分子和脂质体的体系。现在，用真实的原子模型来模拟一些重要的生物通道几乎是比较常规的工作，如：Escherichiacoliporin的OmpFporin,机械敏感通道MscL,Streptomyceslividans的KcsAK+通道。*现在是37页\一共有57页\编辑于星期五MD模拟中的被2个Na＋离子占据的短杆菌肽A通道*现在是38页\一共有57页\编辑于星期五短杆菌肽A通道在50皮秒时间间隔内沿MD轨迹的5个构形的叠合图*现在是39页\一共有57页\编辑于星期五3几种常用的预测方法Abinitio预测不依赖已知结构的同源相似物信息，直接预测一个序列对应的蛋白质三级结构（3D构象）线段模型（Threading）通过研究同已知线段序列的吻合度得到结构信息同源性（Homology）建模根据序列同源性分析、调整已知结构进行结构预测*现在是40页\一共有57页\编辑于星期五**提纲开展本项研究的意义当前相关研究综述几种常用的预测方法我们的研究兴趣与思路虚拟实验室*现在是1页\一共有57页\编辑于星期五1研究概述蛋白质是生命的重要分子，几乎在所有的生物学过程中都扮演着重要的角色。因此，关于其结构与功能方面的研究一直是人们关注的焦点。蛋白质生物功能的关键在于其空间构象，一个伸展开来或随机排布的肽链是没有生物活性的。虽然X射线晶体学和NMR技术是蛋白质结构测定的有效手段，但却远远跟不上飞速发展的DNA测序，它使得蛋白质氨基酸序列的信息以爆炸的方式增长，由此迫切需要直接由蛋白质的氨基酸序列出发进行高级结构的预测。目前，对一定氨基酸序列的多肽链折叠形成特定空间结构蛋白质的机制了解甚少。虽然已经发展了多种经验和理论的计算方法预测蛋白质结构，并取得了某些成功，但总体来说仍是一个尚未解决的