高通量DNA合成芯片表面修饰方法研究.pdfVIP

摘要

人工DNA合成技术是合成生物学的核心技术之一，也是DNA数据存储从

概念转化为应用的关键。目前商业化的柱式DNA合成方法存在合成通量低、单

碱基合成成本高以及合成长度有限等缺陷，基于微阵列的固相化学DNA合成方

法能够在芯片上并行地从头合成大量不同序列的寡核苷酸，具有合成通量高和合

成成本低的优势。然而，芯片上微型反应池尺寸的不断缩小带来的试剂串扰问题

严重影响了合成序列的准确性，因此，迫切需要研究高效可靠的试剂隔离方法，

实现芯片上的高通量快速DNA合成。基于此，本文以阵列式DNA合成芯片为

研究对象，提出了基于表面修饰的片上试剂隔离方法，探明了微孔阵列合成芯片

的设计和加工流程，在此基础上，开展了阵列式DNA原位合成实验，并验证了

该系统用于原位合成寡核苷酸的可行性，为未来构建高通量低成本的DNA合成

系统提供了新的方法与思路。本文的主要研究内容如下：

（1）为了解决合成芯片上存在的试剂串扰问题，提出了疏水改性与氨基功

能化相结合的表面修饰策略。首先，以氟硅烷为修饰试剂，通过气相沉积法在芯

片表面自组装疏水分子膜，提高了芯片表面的润湿性。然后，使用硅烷偶联剂在

反应位点引入活性氨基，实现与初始寡核苷酸的特异性连接，最后评价了修饰后

的芯片在合成试剂中的稳定性。

（2）针对合成柱和平面点阵式芯片合成通量低的问题，设计并加工了可实

现并行高通量DNA合成的微孔阵列式芯片。首先，根据实际应用中对合成产物

长度和质量的需求计算出了合成芯片阵列反应孔的尺寸。然后，以深硅刻蚀工艺

在芯片上制备了阵列反应微孔，最后测试了合成芯片连接初始寡核苷酸的可靠性。

（3）在上述两章研究内容的基础上，结合DNA自动化合成仪，将微孔阵列

式合成芯片和合成仪集成，构建了阵列式DNA合成系统。在此基础上，以合成

40nt长度的寡核苷酸链为目标，以凝胶电泳和荧光原位杂交结果作为反映合成

产物信息的指标，实现了阵列式芯片上的原位合成DNA合成，为高通量低成本

DNA的合成提供了新的途径与思路。

关键词：表面修饰，DNA合成，微阵列，原位，高通量

ABSTRACT

ArtificialDNAsynthesisisoneofthecoretechnologiesofsyntheticbiologyand

thekeytotransformingDNAdatastoragefromconcepttoapplication.Currently,the

commercializedcolumn-basedDNAsynthesismethodshavethedisadvantagesoflow

synthesisflux,highcostofsinglebasesynthesis,andlimitedsynthesislength.The

solid-phasechemicalDNAsynthesismethodbasedonmicroarraycansimultaneously

synthesizealargenumberofoligonucleotideswithdifferentsequencesonthechip,

whichhastheadvantagesofhighsynthesisfluxandlowsynthesiscost.However,the

reagentcrosstalkcausedbytheshrinkingsizeofmicroreactioncellsonthechip

seriouslyaffectstheaccuracyofthesynthesissequence.Therefore,itisurgentto

developefficientandreliablereagentisolationmethodstoachievehighthroughputand

rapidDNAsynthesisonchips.Basedonthis,thispape