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第9卷第3期高原农业Vol.9No.3

2025年6月JournalofPlateauAgricultureJun.2025

基于综合生物信息学分析拟南芥耐寒核心差异表达基因

张军1，2李伟1，2王若丁1，2高海娟1，2李旭业1*

（1.黑龙江省农业科学院畜牧兽医分院；2.黑龙江省草原与牧草育种重点实验室，黑龙江齐齐哈尔161005）

摘要为了筛选低温胁迫下拟南芥核心差异表达基因和相关的代谢通路，通过检索GEO数据库中与拟南

芥低温胁迫相关的芯片数据集，并利用GEO中的GEO2R工具筛选差异基因，然后利用DAVID数据库对

筛选后的差异表达基因进行GO富集和KEGG富集注释，再结合STRING数据库对差异表达基因构建蛋

白质互作关系网络图。研究结果表明：确定芯片GSE106635中的GSM2844128、GSM2844129、

GSM2844132和GSM2844133样本为研究对象，筛选出788个差异表达基因，其中491个上调差异表达基

因，297个下调差异表达基因；通过DAVID在线功能富集分析可知，低温胁迫主要对拟南芥体内的蛋白

质激酶活性和蛋白质结合有显著影响。挖掘出CCA1、LHY、LTI78、COR15A、SUS1、COR47、PRR5、

GI、ABA1、LEA14等在低温逆境中起关键作用的核心差异表达基因。

关键词低温胁迫；GEO数据库；拟南芥；生物信息学

中图分类号：Q943.2文献标志码：A文章编号：2096-4781（2025）03-0362-09

DOI：10.19707/ki.jpa.2025.03.009

AnanlysisofArabidopsisThaliana’sColdtolerantCoreDifferentially

ExpressedGenesBasedonComprehensiveBioinformatics

ZHANGJun1,2,LIWei1,2,WANGRuoding1,2,GAOHaijuan1,2,LIXuye1*

(1.AnimalHusbandryandVeterinaryBranch,HeilongjiangAcademyofAgriculturalSciences;

2.HeilongjiangProvincialKeyLaboratoryofGrasslandandForageBreeding,Qiqihar

161005,Heilongjiang,China)

Abstract:Theobjectiveofthisstudywastoscreenthedifferentiallyexpressedgenesand

relatedmetabolicpathwaysinthecoreofArabidopsisthalianaunderlowtemperaturestress.

ThechipdatasetrelatedtolowtemperaturestressinArabidopsisthalianawasretrievedinthe

GEOdatabase,andtheGEO2RtoolinGEOwas