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502022年10月第38卷第5期

AFEchidna—动植物育种数据遗传评估分析的R程序包*

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肖丽娜魏瑞研谭芷茵张卫华林元震

（1.广东省森林培育与保护利用重点实验室/广东省林业科学研究院，广东广州510520；2.华南农业大学/广东省森林植物

种质创新与利用重点实验室，广东广州510642）

摘要子代测定是动植物育种中的关键环节，一般使用混合线性模型基于限制性最大似然(restricted

maximumlikehood,REML)法来估算子代测定数据中随机效应的方差分量，并估计固定效应(最佳线

性无偏估计，BLUEs)和预测随机效应(最佳线性无偏预测，BLUPs)。当前动植物遗传评估的先锋软

件是ASReml，但其是商业软件，费用昂贵。虽然有如Echidna或R程序包sommer等免费软件，但是

Echidna软件用法复杂，而R程序包功能有限。因此本研究利用R语言基于Echidna软件编写R程序包

AFEchidna，方便用户通过该程序包使用混合线性模型不仅可求解方差分量、遗传参数和随机效应BLUP

值，还可进行多个性状、多个方差结构和多个遗传参数的批量分析，不同模型间的比较以及基因组BLUP

分析。开发AFEchidna包来壮大遗传评估免费软件，并期望其效率能接近于商业软件。

关键词REML；方差分量；遗传参数；批量分析

中图分类号：S722.5文献标志码：A文章编号：2096-2053（2022）05-0050-07

AFEchidnaisARPackageforGeneticEvaluationofPlantandAnimal

BreedingDatasets

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XIAOLinaWEIRuiyanTANZhiyinZHANGWeihuaLINYuanzhen

（1GuangdongProvincialKeyLaboratoryofSilviculture,ProtectionandUtilization/GuangdongAcademyofForestry,Guangzhou,

Guangdong510520,China;2GuangdongKeyLaboratoryforInnovativeDevelopmentandUtilizationofForestPlantGermplasm,

SouthChinaAgriculturalUniversity,Guangzhou,Guangdong510642,China）

AbstractProgenytestsplayimportantrolesinplantandanimalbreedingprograms,andmixedlinear

modelsareusuallyperformedtoestimatevariancecomponentsofrandomeffects,estimatethefixedeffects

(BestLinearUnbiasedEstimates,BLUEs)andpredicttherandomeffects(BestLinearUnbiasedPredictions,

BLUPs)viarestrictedmaximumlikehood(REML)methodsinprogenytestdatasets.Thecurrentpioneer

softwareforgene