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探秘黄瓜果刺形成：基因定位与克隆的深度解析

一、引言

1.1研究背景与意义

黄瓜（CucumissativusL.）作为全球广泛种植的重要蔬菜作物之一，在蔬菜生产与人们的日常饮食中占据着举足轻重的地位。我国黄瓜栽培范围遍及全国各地，不仅在露地广泛种植，更是保护地的主栽蔬菜之一。随着生产技术的发展与人们生活需求的增长，黄瓜的栽培形式日益多样化，实现了周年生产与供应，其种植收益和在蔬菜生产中的地位也不断提高。2021年底，我国黄瓜种植面积达1900多万亩，产量达7560万吨，分别占全球黄瓜总量的60%和81%，单产水平达到3900kg/亩，高出全球平均单产水平36%。

果实品质是黄瓜育种研究的关键，其涵盖内在品质与外观品质，而外观品质对黄瓜的商品性影响重大。果刺作为黄瓜果实外观品质的重要性状之一，具有多方面的重要作用。从生物学角度来看，果刺是一种特殊的表面结构，由多种不同类型细胞，如头部细胞、茎细胞和基部细胞，通过不同分裂方式形成复杂结构，对黄瓜保护自身和防止病原物侵入发挥着重要作用。在市场流通中，果刺的有无、颜色、大小和密度等特征，直接影响着消费者的购买意愿和黄瓜的市场价格。例如，“顶花带刺”的黄瓜往往更受消费者青睐，被认为更新鲜、品质更好。

然而，目前黄瓜果刺形成的分子机制尚未完全明晰。深入研究黄瓜果刺形成相关基因的定位与克隆，具有重要的理论与实践意义。在理论层面，有助于深入理解果刺形成的遗传机制，丰富植物形态建成的理论知识。在实践应用方面，为黄瓜分子育种提供关键的基因资源与理论依据，通过精准调控果刺相关基因，能够改良黄瓜的外观品质，培育出更符合市场需求的新品种，从而提升黄瓜产业的经济效益与市场竞争力。

1.2国内外研究现状

在黄瓜果刺基因定位与克隆研究领域，国内外学者已取得了一系列重要进展。在基因定位方面，刘书林等人以黄瓜白色果刺自交系GY14和黑色果刺自交系NC76为亲本构建遗传群体，运用分离群体分组分析法（BSA）和2112对SSR引物进行分析，结合黄瓜全基因组序列信息和核心种质重测序结果开发新标记，成功将黑色果刺基因B定位于黄瓜4号染色体上，并构建了包含14个SSR标记和1个InDel标记的分子标记连锁群，获得与B连锁的两侧翼标记SSRB-181和SSRB-130。彭佳林等利用黄瓜黑刺自交系S52、黑刺野生种hardwickii以及白刺材料构建遗传群体，将黑刺性状基因B定位于第4染色体的短臂上，确定了最近两侧翼标记SSR昏130和SSRB-107。

在基因克隆与功能验证方面，中国农业科学院蔬菜花卉研究所的研究团队通过全基因组关联分析（GWAS）鉴定到9个与果刺密度相关的遗传位点，利用CRISPR/Cas9基因编辑和过表达验证了NS基因调控果实多刺性状，证实NS通过生长素途径调控果刺密度。河南农业大学园艺学院杨路明/杨森教授团队图位克隆了调控黄瓜果刺大小的关键转录因子CsSBS1，揭示了光信号因子CsHY5可以直接与果刺大小基因CsSBS1的启动子结合并促进其表达，明确了CsHY5-CsSBS1介导光信号调控黄瓜果刺膨大发育的分子机制。

尽管取得了上述成果，但当前研究仍存在一些不足之处。部分果刺性状相关基因的定位还不够精细，影响了后续基因克隆与功能研究的准确性和效率。对于果刺形成相关基因的调控网络以及基因间的互作关系，研究还不够深入全面，限制了对果刺形成分子机制的深入理解。此外，在将果刺基因研究成果应用于实际育种时，还面临着技术转化和品种适应性等问题，需要进一步加强研究。

1.3研究目标与内容

本研究旨在深入解析黄瓜果刺形成的分子机制，为黄瓜分子育种提供坚实的理论基础和关键的基因资源。具体研究目标如下：精准定位黄瓜果刺形成相关基因，确定其在染色体上的精确位置；成功克隆果刺形成相关基因，获取基因的完整序列信息；深入验证所克隆基因在果刺形成过程中的生物学功能。

围绕上述研究目标，本研究将开展以下内容：利用遗传分析方法，明确果刺性状的遗传规律，为后续基因定位提供遗传背景信息；运用分子标记技术，如SSR、InDel等，结合高通量测序技术，对果刺形成相关基因进行精细定位，构建高密度的遗传连锁图谱；基于定位结果，采用图位克隆、同源克隆等方法克隆果刺形成相关基因，并对基因序列进行生物信息学分析；通过转基因技术、基因编辑技术等，在黄瓜植株中对克隆得到的基因进行功能验证，分析基因表达变化对果刺形态、数量、颜色等性状的影响。

1.4研究方法与技术路线

本研究将综合运用多种研究方法。在遗传分析方面，选取具有果刺性状差异的黄瓜材料作为亲本，构建F2、BC1等分离群