石榴CCD基因家族的鉴定与分析.pdfVIP

分子植物育种，2025年，第23卷，第8期，第2511-2518页

MolecularPlantBreeding,2025,Vol.23,No.8,2511-2518

研究报告

ResearchReport

石榴CCD基因家族的鉴定与分析

*

付鸿博李杰杨永超

红河学院生物科学与农学学院,云南省高校滇南特色生物资源研究与利用重点实验室,蒙自,661199

*通信作者,gsau23@126.com

摘要为了全面分析石榴类胡萝卜素裂解双加氧酶(CCD)基因家族，基于石榴Punicagranatum)基因组数

据利用生物信息学方法共鉴定得到22个石榴CCD基因家族成员，并对其理化性质、基因结构、启动子元件

和染色体定位等进行了分析。结果表明，所鉴定到的22个石榴CCD基因均包含RPE65(retinalpigment

epithelial65)保守结构域，属于CCD基因家族成员。编码氨基酸在101~653aa之间，分子量大小在11.28~

72.73kD之间。亲疏水性表明所有的家族成员均为亲水性蛋白。亚细胞定位预测结果表明石榴CCD家族成

员分别定位在线粒体、内质网和细胞质上。二级蛋白结构分析表明，-折叠占比最低，无规卷曲占比最高。

茁

系统进化树分析将石榴CCD基因家族中的9个成员分成5个亚家族(CCD1,CCD4,CCD7,CCD8,NCED)，

NCED亚家族中的NCED3亚类中存在石榴CCD家族成员，但NCED5和NCED6亚类中没有石榴CCD家

族成员，其余的13个家族成员被归类到CCD-like和NCED-like亚家族中。基因结构和蛋白保守基序分析表

明，PgCCD4和PgNCED3家族成员仅由一个CDS和两端UTR组成，PgCCD1和PgCCD7家族成员的基因

结构较为复杂，同一亚家族的成员基因结构较为相似，其中motif7保守度最高。启动子分析发现，基

PgCCD

因可能受光照和茉莉酸甲酯等因素调控，可能受脱落酸等因素的调控。染色体定位及基因复制分

PgNCED3a

析发现，22个基因中只有--没有被定位到石榴的8条染色体上，其他的21个家族成员分

PgCCDPgCCDlikef

别被定位到Chr.1、Chr.4、Chr.5、Chr.7和Chr.8这5条染色体上，同时分析到有4对基因复制事件。本研究为

PgCCD家族基因的克隆及功能研究奠定了理论基础。

关键词石榴);基因;进化分析;基因复制

PunicagranatumCCD

IdentificationandAnalysisoftheCCDFamilyGenesinPunicagranatum

*

FuHongboLiJieYangYongchao

KeyLaboratoryforResearchandUtilizationofCharacteristicBiologicalResourcesinSouthernYunnan,CollegeofBiologicalandAgriculturalSci-

ences,HongheUniversity,Mengzi,661199

*Correspondingauthor,gsau23@126.com

DOI:10.13271/j.mpb.023.002511

AbstractInordertosystematicallyanalyzetheCCDfamilygenesofPunicagranatumandfurtherstudyitsfunc-

tion,atotalof22membersofCCDfamilygenesofPunicagranatumwereidentifiedbybioinformaticsm