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基于双向deBruijn图的序列拼接并行化：技术、实现与优化

一、引言

1.1研究背景与意义

随着科技的飞速发展，生物测序技术取得了令人瞩目的突破，极大地推动了生命科学领域的研究进展。从第一代测序技术到如今的第三代测序技术，测序技术朝着成本更低、测序序列读长更长的方向不断迈进。第一代测序技术以Sanger测序法为代表，基于双脱氧末端终止法或化学降解法，通过荧光标记测定DNA序列，适用于小片段、高准确度的DNA序列测定，如基因克隆、突变分析等。然而，其测序通量低、成本高的缺点限制了大规模的数据处理。第二代测序技术实现了高通量、低成本、快速测序，以Roche公司的454技术、Illumina公司的Solexa技术和ABI公司的SOLiD技术为代表，广泛应用于基因组学、转录组学、表观遗传学等领域。但第二代测序数据存在测序reads短、重复率高以及覆盖度不均匀等问题。第三代测序技术则以单分子测序和纳米孔测序为代表，具有超长读长、无需PCR扩增、直接检测RNA序列等优点，适用于单细胞测序、宏基因组测序等领域，具有更高的分辨率和灵敏度。

这些测序技术的发展使得生物学家能够获得海量的生物测序数据，这些数据被广泛应用于医学、遗传科学和生物学等诸多领域。为了更好地分析这些数据，研究人员建立了大量的公共测序数据库，如美国国家生物技术信息中心NCBI、欧洲生物信息研究所EBI、日本DNA数据库DDBJ等，同时也开发了大量的相似性比对工具，用于解决同源性数据库搜索和高通量测序数据相似性比对问题。

在众多的生物信息学研究中，序列拼接作为一项关键技术，起着至关重要的作用。由于目前测序技术的限制，测序得到的往往是大量的短序列片段（reads），而我们需要将这些短片段拼接成完整的基因组序列，以便深入研究生物的遗传信息。这就如同将一幅被打碎的拼图重新拼接起来，每一个短序列片段都是拼图的一块，只有正确地拼接这些片段，才能还原出完整的基因组图像。

双向deBruijn图在序列拼接中具有独特的优势。传统的deBruijn图在处理序列拼接时，存在一些局限性，而双向deBruijn图通过引入双向边的概念，能够更全面地反映序列之间的关系，提高拼接的准确性和效率。它为序列拼接提供了一种新的视角和方法，使得我们能够更好地处理复杂的基因组数据。

在实际应用中，例如在人类基因组研究中，准确的序列拼接能够帮助我们发现与疾病相关的基因变异，为疾病的诊断和治疗提供重要依据。在农业领域，对农作物基因组的拼接可以帮助我们培育出更优良的品种，提高农作物的产量和质量。在微生物研究中，序列拼接有助于我们了解微生物的代谢途径和生态功能，为环境保护和生物技术应用提供支持。因此，对基于双向deBruijn图的序列拼接并行化进行研究与实现，具有重要的理论意义和实际应用价值，能够为生命科学的发展提供有力的技术支持。

1.2研究现状

序列拼接技术作为生物信息学的核心研究内容之一，近年来取得了丰富的研究成果。早期的序列拼接算法主要基于贪心策略，这种方法简单直接，通过不断选择重叠区域最大的序列进行拼接。但它的局限性也很明显，容易陷入局部最优解，无法保证得到全局最优的拼接结果。随着研究的深入，基于Overlap-Layout-Consensus(OLC)策略的算法逐渐兴起。该策略先找出序列之间的重叠区域，然后对这些重叠区域进行排列，最后生成共有序列。这种方法在一定程度上提高了拼接的准确性，但对于大规模数据处理时，计算复杂度较高，效率较低。

随着高通量测序技术的发展，基于DeBruijnGraph(DBG)策略的算法应运而生，成为当前序列拼接的主流方法。这类算法通过将短序列构建成DeBruijn图，利用图论的方法寻找图中的欧拉路径，从而得到拼接后的序列。基于DBG策略的算法在处理大规模短序列数据时具有明显的优势，能够大大提高拼接效率。像Velvet、Soapdenovo、Idba、Abyss等拼接技术都是基于DBG策略开发的。Velvet在拼接时能够较好地处理低覆盖度区域，但对内存要求较高；Soapdenovo在处理高重复序列时表现出色；Idba则在拼接复杂基因组时具有一定的优势；Abyss适用于大规模数据的并行处理。

针对双向deBruijn图的研究，也取得了一些重要进展。在理论研究方面，学者们对双向deBruijn图的数学性质进行了深入探讨，包括图的顶点、边的定义和性质，以及图的连通性、欧拉路径等问题。这些理论研究为双向deBruijn图在序列拼接中的应用提供了坚实的理论基础。在算法设计方面，研究人员提出了多种基于双向deBruijn图的序列拼接算法，通过优