甘肃2025自考[智能分子工程]分子模拟与计算易错题专练.docxVIP

第PAGE页共NUMPAGES页

甘肃2025自考[智能分子工程]分子模拟与计算易错题专练

一、单选题（共10题，每题2分）

1.在分子动力学模拟中，截断半径的选择主要影响系统的（

A.计算效率

B.边界效应

C.势能计算精度

D.温度分布均匀性）

2.下列哪种方法不属于蒙特卡洛模拟中常用的采样技术？（

A.热浴法

B.拉伸法

C.马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）

D.分子动力学法）

3.在分子力场参数化中，键长参数通常用哪种方式表示？（

A.弹簧常数

B.均值偏差

C.范德华半径

D.离子电荷）

4.下列哪个软件包主要应用于量子化学计算？（

A.GROMACS

B.LAMMPS

C.AMBER

D.Gaussian）

5.分子动力学模拟中，时间步长过小会导致（

A.计算量增加

B.系统能量不稳定

C.计算精度提高

D.系统熵增加）

6.在分子对接中，哪种评分函数常用于评估结合位点的亲和力？（

A.MMFF

B.GROMOS

C.AutoDockVina

D.CHARMM）

7.下列哪个概念与分子动力学模拟中的系综方法无关？（

NVT

NPT

NVE

MDS）

8.在分子力场中，非键相互作用通常用哪种函数表示？（

A.截断函数

B.Lennard-Jones函数

C.Morse函数

D.Harmonic函数）

9.下列哪个软件包主要支持分子动力学模拟？（

A.VASP

B.MOE

C.NAMD

D.QuantumESPRESSO）

10.在分子模拟中，如何处理长程静电相互作用？（

A.粒子群优化

B.电荷密度泛函理论（DFT）

C.ReactionField方法

D.神经网络插值）

二、多选题（共5题，每题3分）

1.分子动力学模拟中，影响系统稳定性的因素包括（

A.时间步长

B.温度控制方法

C.边界条件

D.力场参数精度

E.计算硬件性能）

2.量子化学计算中，密度泛函理论（DFT）的常用交换关联泛函包括（

A.LDA

B.GGA

C.HSE06

D.MP2

E.B3LYP）

3.分子对接中，影响结合能的主要因素包括（

A.分子间氢键

B.范德华相互作用

C.静电相互作用

D.范德华力场参数

E.对接算法优化）

4.分子模拟中，系综方法的应用场景包括（

A.恒温恒压系综（NPT）

B.恒温恒容系综（NVT）

C.恒能系综（NVE）

D.微正则系综（μVT）

E.恒温恒熵系综）

5.分子力场参数化中，常用的键合项包括（

A.弹簧模型

B.Morse势

C.Harmonic势

D.范德华相互作用

E.静电相互作用）

三、判断题（共10题，每题1分）

1.分子动力学模拟可以精确预测蛋白质折叠的全过程。（×）

2.蒙特卡洛模拟适用于处理长程静电相互作用。（√）

3.在分子力场中，键长参数通常用范德华半径表示。（×）

4.量子化学计算中，DFT方法比MP2方法计算精度更高。（×）

5.分子对接中，AutoDockVina是一种常用的评分函数。（×）

6.分子动力学模拟中，截断半径的选择不影响系统的边界效应。（×）

7.在分子力场参数化中，非键相互作用通常用Lennard-Jones函数表示。（√）

8.分子模拟中，时间步长过大会导致系统能量不稳定。（√）

9.量子化学计算中，VASP主要用于分子动力学模拟。（×）

10.分子对接中，结合能的计算仅依赖于分子间氢键。（×）

四、简答题（共5题，每题5分）

1.简述分子动力学模拟中截断半径的选择对系统的影响。

2.解释蒙特卡洛模拟中马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）方法的原理。

3.比较分子动力学模拟和蒙特卡洛模拟的优缺点。

4.简述分子对接中评分函数的作用及其常用类型。

5.如何处理分子模拟中的长程静电相互作用？

五、计算题（共3题，每题10分）

1.已知一个水分子在NVT系综中的分子动力学模拟，系统温度为300K，体积为1000?3，粒子数为100。若时间步长为1fs，计算模拟100ps需要多少步？

2.在分子对接中，两个分子间的结合能计算为-20kJ/mol，结合位点存在三个氢键（每个氢键贡献5kJ/mol），计算范德华相互作用和静电相互作用的贡献值。

3.已知一个蛋白质分子在分子动力学模拟中，截断半径为10?，范德华相互作用采用Lennard-Jones函数。若蛋白质分子包含500个原子，计算非键相互作用的计算量（假设每个原子有10个近邻原子）。

答案与解析

一、单选题

1.B

解析：截断半径的选择直接影响非键相互作用的计算范围，过小会导致边界效应，过大则增加计算量。

2.D