sRNAtooox：整合小RNA分析工具开源平台.pdfVIP

#软件工具#sRNAtoolbox:一个小RNA搜索工具的整合仓库

瑶轩

小RNA研究是一个快速增长的领域，除了microRNAs是表

达的重要调节子之外，其他功能的小RNA分子也被可以影响动植

物的表达。MicroRNAs在寄主与寄生菌的互作之间有重要作用，

并且的microRNAs可以调节寄主的性免疫。此外小RNA

在体液中也被检测到，使它们成为非性的biomarker候选。鉴于大

家对小RNA广泛，特别是microRNAs作为多数生物信息的辅助

分析工具越来越受到科研团体的欢迎。为促进整合的sRNA研究，我

们开发了sRNAtoolbox,一个独立但又相互交叉的工具集合，用于从高

通量的数据进行表达分析，差异表达，靶预测，组可视

化探索，list分析和未匹配blast搜索。

所有的工具都可以单独使用，或者用于sRNAbench结果的下游分析对

于寄生菌microRNAs靶的保守预测和富集通路的识别流程也被很

容易的建立，所有的这些工具的可以在这里找到

。

#软件工具#sRNAtoolbox：一个小型RNA搜索工具的整合仓库

瑶轩

RNAmicroRNAsmicroRNAsRNAmicroRNAsRNA

MicroRNAsMicroRNAsMicroRNAsMicroRNAsMicroRNAs

microRNAsmicroRNAsRNARNAmicroRNAsmicroRNAs作为

大多数生物信息的辅助，为了促进sRNA研究的整合，我们开发了

sRNAtoolbox，一个独立但又相互交叉的工具集合，用于高差异表达、

靶从预测、组可视化探索、列表分析和非匹配搜索。

所有的工具都可以单独使用，或者用于sRNAbench结果的下游分析，对

寄生菌microRNA的可以在这里找到到

。

sRNAtoolbox一共包含了以上七个小的工具简单做下介绍：

sRNAbench:主要负责小RNA的表达谱分析，新microRNAs的预测，

isomiRs的分析，组匹配和read长度统计，所有的样本分析都是单

独进行的。具体参数选择见下图

sRNAde:基于DESeq,edgeR和NOISeq进行差异表达sRNAs检测

sRNA工具箱：

sRNAbench：主要负责小RNA的表达谱分析、新microRNA的预测