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基于高通量测序剖析不同单株叶籽银杏DNA甲基化差异及其遗传启示

一、引言

1.1研究背景

银杏（GinkgobilobaL.）作为地球上现存最古老的种子植物之一，有着“活化石”的美誉，在植物演化进程中占据着关键地位。其起源可追溯至数亿年前，历经漫长地质变迁与气候更迭，见证了无数物种的兴衰。在第四纪冰川期，许多植物因极端气候灭绝，银杏却凭借顽强生命力和独特适应性幸存，成为研究植物进化的“活标本”，为探索生物进化奥秘提供了宝贵线索。

银杏在经济、生态和文化等领域也具有不可替代的价值。经济上，银杏集果用、叶用、材用和观赏等于一身。银杏果实（白果）营养丰富，可食用，还具有药用价值，在传统医学中用于治疗多种疾病；银杏叶富含黄酮类、萜内酯等活性成分，被广泛应用于医药、保健品和化妆品行业，用于制作治疗心脑血管疾病的药物和具有抗氧化、抗衰老功效的保健品；银杏木材材质优良，纹理美观，是制作高档家具、工艺品和乐器的优质材料；此外，银杏树形优美，叶色金黄，秋季宛如金色华盖，极具观赏价值，是城市绿化、园林景观建设的重要树种，吸引大量游客，带动当地旅游业发展，如每年秋季，江苏泰兴、山东郯城等地的银杏观赏景点都吸引了大量游客前来观赏。

生态方面，银杏具有保持水土、净化空气、调节气候和保护生物多样性等作用。其根系发达，能有效固定土壤，防止水土流失；叶片能吸附空气中的尘埃和有害气体，如二氧化硫、氮氧化物等，起到净化空气的作用；银杏树体高大，能为众多生物提供栖息地和食物来源，对维持生态平衡意义重大。

文化层面，银杏在我国文化中具有深厚底蕴和象征意义，常被视为长寿、坚韧和吉祥的象征。许多古老寺庙、庭院中都种有银杏树，它们承载着历史记忆和文化传承，成为文化遗产的重要组成部分。

叶籽银杏（GinkgobilobaL.var.epiphyllaMak.）作为银杏的一个变种，其特殊性在于部分或少数叶子上能够结出种子，这一现象在植物界极为罕见，颠覆了人们对植物繁殖方式的传统认知，为植物学研究提供了独特视角。这种特殊的生殖现象不仅丰富了银杏的遗传多样性，还可能蕴含着植物发育和进化的新机制，对深入理解植物的生殖生物学和进化历程具有重要意义。研究叶籽银杏的遗传特性，有助于揭示植物性状变异和遗传规律，为植物遗传育种提供理论支持。

DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰，在不改变DNA序列的前提下，通过在DNA分子上添加甲基基团，影响基因的表达和功能。它在植物的生长发育、环境适应和进化等过程中发挥着关键作用，参与调控植物的种子萌发、开花结果、器官发育以及对生物和非生物胁迫的响应等生理过程。在植物应对干旱胁迫时，DNA甲基化可以调控相关基因的表达，使植物通过调节自身生理代谢，如减少水分散失、增强渗透调节能力等，来适应干旱环境；在植物的花期调控中，DNA甲基化能够影响开花相关基因的表达，从而决定植物的开花时间和花期长短。研究不同单株叶籽银杏间的DNA甲基化差异，有助于揭示叶籽银杏特殊性状形成的分子机制，为银杏的遗传改良和品种选育提供理论依据，对保护和利用这一珍稀植物资源具有重要的科学意义和应用价值。

1.2叶籽银杏研究现状

叶籽银杏的发现最早可追溯到1891年，日本的Shirai首次观察到银杏有不正常的种子形成现象。1896年，日本的Fujii正式报道了银杏叶子上出现畸形胚珠的情况，但直到1927年，Makino才首次将叶籽银杏定为一个变种——Ginkgobilobavar.epiphyllaMak。在20世纪60年代初，欧洲和美洲均未发现叶籽银杏的报道，直到1965年，Meyer等将日本的Ohwi专著《FloraofJapan》译成英文后，叶籽银杏才在国际上被更多人知晓。1962年，山东沂源县大贤山织女洞发现了中国第一株叶籽银杏，此后，我国对叶籽银杏的研究逐渐展开。

目前，叶籽银杏在中国和日本均有分布。在中国，除山东外，陕西、广西、湖南、湖北、甘肃、福建、河南等地也陆续发现了叶籽银杏树，总株数超过20株，广东韶关南雄还有大规模种植叶籽银杏的情况。不同地区的叶籽银杏在形态、生长环境和遗传特性等方面可能存在差异。山东沂源的织女洞叶籽银杏树树龄约600余年，树高25.4米，胸围3.21米，全树有6大主枝，其正常果占60%，叶籽果占20%，异形果占20%；而陕西洋县的叶籽银杏树树高16米，胸围1.35米，树龄50余年，1989年树冠被砍掉一半，树干1.5米以下全被环剥却未死，展现出顽强的生命力。

在形态特征研究方面，叶籽银杏并非所有叶子都能结籽，只有一部分或少数叶子上能结籽，且不一定每年都出现。叶籽银杏树除了短枝上有正常胚珠外，叶子上还有“叶胚珠”