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苹果属EST-SSR标记的开发及在梨属植物中的转移性探究

一、引言

1.1研究背景与意义

果树作为农业生产中的重要组成部分，其遗传研究对于品种改良、种质资源保护和利用具有至关重要的意义。在果树遗传研究中，分子标记技术的发展为深入了解果树的遗传多样性、亲缘关系以及基因定位等提供了有力工具。

DNA分子标记技术是以DNA分子水平为基础的遗传标记技术，它利用DNA序列或基因表达模式的差异来反映个体或种群的遗传特征。随着生物技术的飞速发展，DNA分子标记技术在果树遗传育种研究中的应用越来越广泛，为果树品种的鉴别、资源利用、育种策略和遗传改良提供了强有力的支持。

EST-SSR（ExpressedSequenceTag-SimpleSequenceRepeat）标记作为一种新型的分子标记，具有独特的优势。它基于表达序列标签开发，来源于基因的编码区，与传统的基因组SSR标记相比，EST-SSR标记不仅具备多态性高、重复性好、共显性遗传等特点，而且开发成本较低，通用性高。这使得EST-SSR标记在果树遗传研究中具有重要的应用价值。

苹果属（Malus）和梨属（Pyrus）是蔷薇科（Rosaceae）中两个重要的属，包含许多重要的果树种类。苹果和梨在全球水果生产和消费中占据重要地位，对它们的遗传研究一直是果树学领域的研究热点。开发苹果属EST-SSR标记，有助于深入了解苹果属植物的遗传多样性、亲缘关系以及遗传进化规律，为苹果的品种改良、种质创新和资源保护提供科学依据。

此外，研究苹果属EST-SSR标记在梨属上的转移性具有重要的意义。一方面，苹果属和梨属在进化上具有一定的亲缘关系，研究标记的转移性可以为比较基因组学研究提供参考，有助于揭示两个属之间的遗传关系和进化历程。另一方面，通过筛选具有转移性的EST-SSR标记，可以为梨属植物的遗传研究提供更多的分子标记资源，丰富梨属植物的遗传分析手段，促进梨属植物的遗传改良和品种选育工作。

1.2国内外研究现状

在苹果属EST-SSR标记开发方面，国内外学者已经开展了大量的研究工作。随着基因组学的发展，DNA测序技术不断变革，测序成本大大降低，使得对eDNA文库的大规模随机测序成为一项实用的技术，通过测序所得的成千上万的EST序列为SSR标记的开发提供了巨大的有价值来源。

国外一些研究团队利用苹果属的EST数据库，通过生物信息学方法筛选出大量潜在的SSR位点，并设计合成了相应的引物。这些引物在苹果属植物的遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建等方面得到了广泛应用。例如，[具体文献]的研究从苹果属的EST序列中开发了一系列EST-SSR引物，并利用这些引物对不同苹果品种进行了遗传多样性分析，结果表明这些引物能够有效地检测到苹果品种间的遗传差异。

国内的研究人员也在苹果属EST-SSR标记开发方面取得了重要进展。[具体文献]从NCBI数据库中下载苹果EST序列，利用MISA软件包进行SSR位点筛选，开发了35对EST-SSR引物，并利用这些引物对苹果品种资源的亲缘关系进行了研究，共扩增出等位基因位点138个，显示出了较高的多态性。

在苹果属EST-SSR标记在梨属上的转移性研究方面，也有相关的报道。已有研究表明，由于苹果属和梨属在进化上的亲缘关系，部分苹果属EST-SSR标记可以在梨属植物上成功扩增。[具体文献]从苹果属的EST数据库中开发了147对SSR引物，经过初步筛选后有94对可以扩出目的片段，其中72对引物在梨属的四个种或品种中可以扩增出目的产物，40对具有多态性。进一步选取8对引物在24个梨属植物的种或品种上进行扩增，所选引物在这些材料上都扩增出了与在苹果属上大小相似的预期产物，聚类分析结果表明，所有材料在相似系数为0.6800处可明显分为两大类群，即东亚梨和西方梨。

然而，目前关于苹果属EST-SSR标记开发及其在梨属上转移性的研究仍存在一些不足之处。一方面，虽然已经开发了大量的EST-SSR引物，但这些引物在不同苹果品种和梨属植物中的通用性和有效性还需要进一步验证和评估。另一方面，对于标记转移性的机制和影响因素的研究还相对较少，需要深入探讨以提高标记的转移性和应用效果。

1.3研究目标与内容

本研究旨在开发苹果属EST-SSR标记，并研究其在梨属上的转移性，为苹果属和梨属植物的遗传研究提供新的分子标记资源和理论依据。具体研究内容如下：

苹果属EST序列的收集与分析：从公共数据库中收集苹果属的EST序列，利用生物信息学软件对这些序列进行处理和分析，筛选出含有SSR位点的EST序列。

EST-SSR引物的设计与合