第一组蛋白质立体结构的测定.pptVIP

第1页，共30页，星期日，2025年，2月5日NMR

(nuclearmagneticresonance)核磁共振第2页，共30页，星期日，2025年，2月5日前言簡介約15,000種蛋白質的三維結構已被解出，80%是用X-ray解出，20%用NMR解出NMR解出三維結構時不需要長單晶(singlecrystal)，只要溶在水溶液當中即可，比較符合生物巨分子的生理狀態。第3页，共30页，星期日，2025年，2月5日NMR產生訊號的原理

1.C、N、H、S等atoms的同位素label→l不等於0→始可產生NMR訊號〈補充〉每個元素中的核子(nucleus)，其磁自旋量子數

(magneticspinquantumnumber)以I來代表。

若I≠0，此核子在磁場中，會產生NMR訊號

若I=0，此核子在磁場中，無法產生NMR訊號。

質量數和質子數均為偶數的原子核，l=0質量數為奇數的原子核，l=半整數質量數為偶數，質子數為奇數的原子核，l=整數第4页，共30页，星期日，2025年，2月5日核磁共振儀的射頻器(transmitter)打了一個脈衝(pulse)，將此淨磁化量偏移z軸，此偏移的磁化量就沿著磁場方向(z軸)做進動(precession)。造成此磁化量形成陀螺的軌跡，如下頁圖所示。此磁化量的軌跡，會引導一個振盪電流而被記錄下來。第5页，共30页，星期日，2025年，2月5日2.從NMR的peakarea和高度比可知特定原子的數量和原子鍵結的環境。第6页，共30页，星期日，2025年，2月5日NMR的光譜分析一維：H太多→訊號複雜→難以分析第7页，共30页，星期日，2025年，2月5日二維：NOE效應→可得知原子間的距離第8页，共30页，星期日，2025年，2月5日三維：NOE效應+TOCSY技術+NOESY技術

→旋性、凡得瓦半徑、鍵角

→輸入computerrun出可能的三度結構第9页，共30页，星期日，2025年，2月5日〈補充〉NOE效應

(NuclearOverhouserEffect)NMR之所以能解出蛋白質分子在水溶液的三維結構，主要的就是要靠NOE效應。NOE＝(I′－I0)/I0I′為質子對被照射時的intensityI0為質子對未被照射時的intensity如果NOE愈強，表示二質子間距離愈短。NOE的大小與質子對之間距(γ)的6次方成反比：NOE∝1/γ6第10页，共30页，星期日，2025年，2月5日NMR的研究領域一、蛋白質與分子之結合(Interaction)利用核磁共振技術我們可輕易地藉由測量化學位移擾動(chemicalshiftperturbation)的方式找出protein與ligand作用的殘基，亦可進一步解出整個complex的結構。化學位移的擾動主要是因為protein與ligand結合後某些殘基會和ligand接觸或作用，而使得化學環境改變，藉由測量各個殘基化學位移的變化情形，便能找出ligand的結合位置(活性位置)。第11页，共30页，星期日，2025年，2月5日二、蛋白質分子之折疊(ProteinFolding)

自然界中所存在的折疊構形約只有1,000-5,000種。且有許多蛋白質屬於同一個family，具有高度的sequencehomology。定出這1,000-5,000種蛋白質的折疊構形並研究這些構形所具有的生化活性，便能提供其他屬於同family的蛋白質在結構與功能上的資訊。第12页，共30页，星期日，2025年，2月5日優缺比較X-ray繞射技術

§快速且較不受分子量的限制

§但是並不是每一種蛋白質都能得到良好的結晶，(蛋白質結晶的取得仍是現今結晶技術的一大挑戰)核磁共振

§找尋蛋白質結構較耗費人力及時間

§圖譜分析的工作是既複雜又費時

第13页，共30页，星期日，2025年，2月5日X-RayCrystallography第14页，共30页，星期日，2025年，2月5日原理:所謂X-Ray繞射結晶法即是利用X-Ray射向蛋白質晶體使X-ray產生繞射，經由繞射使照相底片曝光而產生一投影圖形，再將此繞射圖案作分析，作出電子密度圖，經過一連串的計算之後，即可判定出蛋白質的立體結構!Why要使用X-Ray?我們採用X光來決定蛋白質的結構