蛋白质空间结构.pptVIP

第1页，共26页。2.1蛋白质存在着四种水平的结构一级结构：是共价连接的氨基酸残基的序列，它描述的是蛋白质的线性的（或一维）结构。二级结构：是通过肽键中的酰胺氮和羰基氧之间形成的氢键维持的，包括?-螺旋、?-折叠和转角等。三级结构：是指一条多肽链形成紧密的一个或多个球状单位或结构域，三级结构的稳定依赖于非相邻的氨基酸残基侧链的相互作用。四级结构：并不是每个蛋白质都具有的，只有那些是由两条或两条以上多肽链组成的蛋白质才具有四级结构，每一条肽链也称之亚基，肽链可以是相同的，也可以是不同的。第2页，共26页。四种结构以及它们之间的关系第3页，共26页。2.2肽单位是一个有极性的且呈平面的单位一个多肽链的骨架是由通过肽键连接的重复单位N-C?-C组成的（图a）。参与肽键形成的2个原子以及另外4个取代成员：羰基氧原子、酰胺氢原子、以及2个相邻的?-碳原子构成了一个肽单位（图b）。第4页，共26页。肽平面内各个健的健长和健角肽健第5页，共26页。肽健（酰胺健）C－N长度为0.133nm比C＝N（0.125nm）长，但比一般的C－N单健（0.145nm）短，所以肽健具有部分双健特性（约具有40％双健特性）。由于肽健的双健特性使得该健不能旋转，保持酰胺基处于平面。所以参与肽键形成的2个原子以及另外4个取代成员：羰基氧原子、酰胺氢原子、以及2个相邻的?-碳原子构成的肽单位处于同一平面，该平面称为肽平面，或称为酰胺平面。肽键的部分双键特性足以防止肽健C-N的旋转，但蛋白质中的每一个N-C?键和每一个C?-N键都可以自由旋转。所以肽平面内的两个C?可以处于顺式构型或反式构型。第6页，共26页。反式（trans）构型：相邻的两个氨基酸残基的?-碳处于肽键的两侧，具体讲是处于肽单位平面形成的矩形的对角，两个?-碳之间离的最远。顺式（cis）构型：两个?-碳处于肽键的同一侧，它们之间靠的最近。由于侧链基团之间的立体干扰，不利于顺式构型的形成，对伸展的反式构型的形成有利，因此蛋白质中几乎所有的肽单位都是反式构型。但也有例外，一般都出现在脯氨酸的酰胺氮参与形成的肽键，只是顺式构型引起的立体干扰比反式构象多些。通过X-射线晶体分析发现蛋白质中大约有6％的脯氨酸残基处于顺式构型。第7页，共26页。反式构型顺式构型反式构型顺式构型肽健肽健C?C?C?N-C?键限制在吡咯烷环中，已被固定，不能旋转。第8页，共26页。2.3肽链在构象上受到很大的限制一个蛋白质的构象取决于肽单位绕N-C?键和C?-N键的旋转，这些键连接着多肽链中的刚性的肽单位。旋转本身受到肽链的主链和相邻残基的侧链原子之间的立体干扰的限制。下图a表示肽链中的肽单位处于一种伸展状态；图b表示的是肽单位处于一种不稳定构象，这是由于相邻氨基酸残基的羰基氧之间的立体干扰引起的，虚线表示的是羰基氧原子的vanderWaals半径。一个肽平面绕N-C?键旋转的角度用?表示：绕C?-C键旋转的角度用?表示，从C?沿健轴方向观察，顺时针方向为正，反时针为负。第9页，共26页。肽平面绕N-C?键旋转的角度用?表示绕C?-C键旋转的角度用?表示第10页，共26页。一个肽平面绕N-C?键旋转的角度用?表示：绕C?-C键旋转的角度用?表示，从C?沿健轴方向观察，顺时针方向为正，反时针为负。当肽平面处于顺式构型，且平分H－C?－R平面时，规定?＝0或?＝0。理论上?和?可以取－180°至＋180°之间的任一个角度。但由于旋转时酰胺氫和羰基氧之间的位阻，所以并不是任意二面角（?，?）都是立体化学所允许的。一个多肽链中的每一个肽单位的构象可以用?和??和?立体上允许的值。用?对?作图，得一个二维图，称为拉氏（Ramachandran）构象图。第11页，共26页。第12页，共26页。表2.1某些可以确认的构象的理想的?和?值构象 ? ? ?-螺旋（右手） －57? －47? ?-螺旋（左手） ＋57?