第十四讲蛋白质组学.ppt

结构基因组学、功能基因组学、蛋白质组学的概念：

为了揭示整个基因组转录、翻译与产物之间的调控关系。在基因组研究的基础上提出多层次的“组学”概念，……

结构基因组学：

结构基因组：生物的全部基因组DNA序列。

结构基因组学：基因的遗传图和物理图制作，最终完成人类和其他重要模式生物的全部基因组DNA序列的测定和比较分析的学科。

即：基因组静态结构规律性的分析，包括：不同物种之间的基因比较和基因组多态性分析。

功能基因组学：

功能基因组：细胞内所有具有生物学功能的基因，即表达一定功能的全部基因所组成的DNA序列，包括编码基因和调控基因。

功能基因组学：研究基因组中功能基因的的学科。通过基因组及其功能基因组的研究，阐明整个基因组及其转录、翻译及产物关系的学科。——系统地破译遗传密码——

蛋白质组学

蛋白质组：指一个基因组、一个细胞或一种生物表达的所有蛋白质及其存在方式。

蛋白质组学：以蛋白质组为研究对象，从整体蛋白质水平研究生命活动的本质规律和探索疾病发生机制的学科。;基因组学与蛋白质组学的关系;基因组学面临的挑战

随着人类基因组计划的实施和推进，以及很多物种的基因组测序，生命科学研究已进入后基因组时代。但通过基因组的序列，无法阐明它所编码的蛋白质的高级结构和功能。尚不能从蛋白质水平上反映生命的本质。

例如：

（1）基因是蛋白质结构的“蓝本”，携带着遗传信息，仅凭细胞内mRNA的信息还不能预见基因的产物—蛋白质的信息。

（2）仅靠基因组序列——无法回答

生物体内外环境与基因的表达关系。

蛋白翻译后修饰、剪接和加工等过程。

蛋白质翻译后修饰、结构形成、蛋白质分子间或与其它分子间的相互作用关系等。

蛋白质本身的存在形式和变化规律，如翻译后修饰、蛋白质间相互作用以及蛋白质构象等问题。

回答这些问题：还需要依赖于直接对蛋白质进行研究。

阐明生命现象本质，仅仅依靠基因组学研究是不够的，提出了…;蛋白质组学的产生和思想

是时代发展的要求和产物：

20世纪90年代中期，产生了蛋白质组学(proteomics)，

由于人类基因组计划的实施和发展，生命科学研究已进入后基因组时代。

研究生命现象，阐述生命活动的规律，只了解基因组的结构是不够的，还必须对生命活动的直接执行者——蛋白质(数量、结构、性质、相互关系和生物学功能)进行全面深入的研究。

传统的研究方式（对单个蛋白质研究）已无法满足后基因组时代的。

一个以“蛋白质组”为研究对象的生命科学的新时代诞生了。

蛋白质组学的思想

是在生物体或其细胞的“整体”蛋白质水平上来揭示和阐明生命活动的基本规律，而不是局限于一个或几个蛋白质。;二、蛋白质组学发展的重要标志;（3）蛋白质组(proteome)的提出：

蛋白质组学诞生的标志

1994年，澳大利亚两位学者（悉尼Macquarie大学学生Wilkins和他的老师William）试图使用一个合适的术语描述“一个基因组所表达的全体蛋白质”。

1994年年9月，他们在意大利召开的一个学术会议上首次提出了蛋白质组(proteome)这个新造的词。

1995年7月，《Electrophoresis》杂志上第一次刊登了第一篇蛋白质组学研究的论文。

从此，蛋白质组研究的进展十分迅速

不论基础理论还是技术方法，都在不断进步和完善。

多种细胞的蛋白质组数据库已经建立，相应的国际互联网站层出不穷;（4）蛋白质组研究机构的成立

1996年，澳大利亚建立了世界上第一个蛋白质组研究中心。

丹麦、加拿大、日本也先后成立了蛋白质组研究中心。

在巨大财力的支持下，在美国各大药厂和公司，也纷纷加入了蛋白质组的研究行列。

2001年4月，在美国成立了国际人类蛋白质组组织，

随后欧洲、亚太地区都成立了区域性蛋白质组研究组织，

试图通过合作方式，融合各方面力量，完成人类蛋白质组计划，

在2002年和2003年陆续启动了人类血浆、肝脏和脑蛋白质组的研究。

促进了蛋白质组学研究和技术的进步。

在生命科学领域，蛋白质组学研究形成了国际热点;（5）三大技术突破：

等点聚集电泳技术——2-DE核心技术之一

20世纪80年代固相化pH梯度凝胶电泳(IPG)技术的发明和完善，改善了双向凝胶电泳的重复性和上样量。

生物大分子质谱技术

20世纪80年代后期，电喷雾质谱(ESI-MS)和基质辅助的激光解吸飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术的发明，及其在蛋白质分析中的成功应用。

图像和数据库分析技术：

蛋白质双向电泳图谱的数字化和分析软件的问世，不但使得不少物种的双向电泳和蛋白质数据库相继建立和完善，而且促进了蛋白质组研究的技术手段日渐完善。;（6）关于蛋白质组与基因组的新认识：

蛋白质组是动态的过程，基因组是相对恒定的。

一个基因并不只存在一个相应的蛋白质，可