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动物种群基因组结构的多尺度分析
目录
文档概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.2国内外研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
1.3研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
1.4研究方法与技术路线．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
动物种群基因组结构理论基础．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
2.1基因组基本概念与组成．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
2.2种群遗传学核心原理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
2.3基因组结构变异类型．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
2.4影响基因组结构的因素．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
多尺度分析方法概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
3.1数据获取与预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
3.1.1种群基因组测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
3.1.2质量控制与数据清洗．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
3.2遗传变异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
3.2.1单核苷酸多态性检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
3.2.2复杂位点变异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
3.3基因组结构变异检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
3.3.1染色体结构变异．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
3.3.2基因层面结构变异．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
3.4多尺度整合分析策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
3.4.1变异层次关系构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
3.4.2跨尺度关联分析模型．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
典型动物种群基因组结构分析实例．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51
4.1模式生物基因组结构解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53
4.1.1实例一．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．56
4.1.2实例二．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．57
4.2经济/药用动物基因组结构研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．59
4.2.1实例三．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．63
4.2.2实例四．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．64
4.3野生动物种群基因组结构研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．67
4.3.1实例五．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．69
4.3.2实例六．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．70
多尺度分析结果与讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．72
5.1不同尺度基因组结构特征总结．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．73
5.2种群遗传分化与结构变异关系．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．76
5.3环境适应与基因组结构演化机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．78
5.4研究结果的应用前景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．84
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