食蟹豆齿鳗线粒体基因组结构特征及系统进化分析.pdfVIP

热带海洋学报JOURNALOFTROPICALOCEANOGRAPHY2024年第43卷第6期:145–159

doi:10.11978/2023196

食蟹豆齿鳗线粒体基因组结构特征及系统进化分析①

杨澜,赵耀,刘玉萍,杨天燕

浙江海洋大学水产学院,浙江舟山316022

摘要:食蟹豆齿鳗(Pisodonophiscancrivorus)是我国东南沿海重要的渔获种类之一。本研究采用高通量测序技术对采自于舟

山近海的食蟹豆齿鳗线粒体基因组进行了测定,并对其结构特征及系统发育关系进行了分析。食蟹豆齿鳗线粒体DNA序列

全长为17650bp,4种碱基含量分别为A(31.72%)、G(15.58%)、T(26.26%)和C(26.44%),表现出明显的反G偏倚和A＋T富

集现象。与已发表的蛇鳗科鱼类相似,其线粒体部分基因由于自然选择的作用,发生了串联复制–随机丢失(tandem

duplication-randomloss,TDRL)事件,导致ND6基因和tRNA-Glu(E)转移到tRNA-Thr(T)和tRNA-Pro(P)之间,并且ND6基因

上游出现了另一个长度为966bp的控制区,两个控制区呈现独立演化的特征。13个蛋白质编码基因中分别存在2种启动子

(ATG、GTG)和4种终止子(TAG、TAA、TA-、T--),且仅COI基因以GTG作为起始密码子。编码的3824个氨基酸中,亮

氨酸(Leu)含量最高而半胱氨酸(Cys)含量最低。22种tRNA的二级结构中存在17处碱基错配,且仅tRNA-SerAGY(S)由于缺少

二氢尿嘧啶臂(DHU臂)无法折叠形成典型的三叶草结构。长度为21bp的轻链复制起始区(originofL-strandreplication

region,O)位于“WANCY”基因簇内,其发夹型二级结构(hairpinsecondarystructure)的3端具有与爬行动物类似的保守功能基

L

序3-GGCGG-5。将17种蛇鳗科鱼类的线粒体12个蛋白质编码基因序列去除终止密码子之后进行串联,基于Kimura双参

数模型计算种间遗传距离为0.128~0.297。使用最大似然法(maximumlikelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesianinference,BI)构建

系统发育树,显示了蛇鳗科鱼类复杂的演化关系,食蟹豆齿鳗位于进化树的基部,与短尾蛇鳗(Ophichthusbrevicaudatus)和艾

氏蛇鳗(O.evermanni)亲缘关系最近,是该类群中较晚发生遗传分化的种类。

关键词:食蟹豆齿鳗;线粒体基因组;结构特征;序列分析;系统发育

中图分类号:S917.4文献标识码:A文章编号:1009-5470(2024)06-0145-15

Themitochondrialgenomiccharacteristicsandphylogeneticrelationshipanalysisof

Pisodonophiscancrivorus(Anguilliformes,Ophichthidae)

YANGLan,ZHAOYao,LIUYuping,YANGTianyan

SchoolofFisheries,ZhejiangOceanUniversity,Zhoushan316022,China

Abstract:PisodonophiscancrivorusisanimportantfishspeciesinthesoutheastcoastofChina.Inthisstudy,thecomplete

mitochondrialgenomeofP.cancrivoruswasobtainedbyhigh-throughputsequencingt