原鸡DMRT1基因密码子偏好性与进化分析.pdfVIP

2025年第3期生物技术

原鸡DMRT1基因密码子偏好性与进化分析

1,231,21,21,2*

李泽宇袁李国辉袁靳锴袁孙红艳袁李碧春

渊1.扬州大学农业科技发展研究院/教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室袁江苏扬州225009曰2.扬州大学动物科

学与技术学院/江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室袁江苏扬州225009曰3.江苏省家禽科学研究所袁江苏扬州

225003冤

摘要院为了研究原鸡DMRT1基因密码子偏好性及其影响因素以及物种间遗传进化和密码子偏好关系袁试验选取了

原鸡以及另外15个代表性物种的DMRT1基因作为研究对象袁通过CodonW软件和EMBOSS在线网站袁系统分

析这些基因密码子偏好性相关的7个关键指标遥使用ENC-plot和PR2-plot等方法对碱基突变等潜在影响因素进行

了分析袁基于各物种DMRT1基因的CDS序列信息构建了系统发育树曰通过同义密码子相对使用度渊RSCU冤构建

了不同物种的密码子使用偏好性热图袁以直观展示各物种间密码子使用的差异和相似性遥结果显示袁DMRT1基因

偏好使用以G/C结尾的密码子袁而碱基突变是导致DMRT1基因偏好性产生的主要影响因素袁系统发育树和热图

表明袁虽然密码子使用具有种属特异性袁但由于受其他因素影响袁亲缘关系相近的物种间密码子使用模式也会有

差异遥该文发现原鸡DMRT1基因的偏好性弱袁其密码子在使用度上也与近缘物种有较大差异遥

关键词院原鸡曰DMRT1基因曰密码子偏好性曰遗传进化曰碱基突变

中图分类号院S831文献标识码院A文章编号院1673-4556渊2025冤03-0031-14

AnalysisofCodonBiasintheDMRT1GeneofGallusgallus

1,231,21,21,2*

LiZeyu,LiGuohui,JinKai,SunHongyan,LiBichun

渊1.InstituteofAgriculturalScienceandTechnologyDevelopment,YangzhouUniversity,JointInternationalResearchLaboratory

ofAgricultureAgir-ProductSafetyofMOE,Yangzhou,225009,Jiangsu;2.SchoolofAnimalScienceandTechnology,

YangzhouUniversity,KeyLaboratoryofAnimalGeneticBreedingandMolecularDesigninJiangsuProvince,Yangzhou,225009,

Jiangsu;3.JiangsuPoultryScienceResearchInstitute,Yangzhou,225125,Jiangsu)

ToinvestigatethecodonusagebiasofDMRT1geneinGallusgallusanditsinfluencingfactors,aswellasthegenetic

evolutionandtherelationshipbetweencodonusagebiasamongspecies,DMRT1genesofGallusgallusand