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第47卷第1期中国预防兽医学报Vol.47No.1

2025年1月ChineseJournalofPreventiveVeterinaryMedicineJan.2025

doi：10.3969/j.issn.1008-0589.202404017

山西地区鸽圆环病毒全基因组序列的测定与分析

1†2†221*2*

张娟，任鹏飞，李兴，高振，王仲兵，梁立滨

（1.山西省动物疫病预防控制中心，山西太原030000；2.山西农业大学动物医学学院，山西太谷030801）

摘要：为了解山西地区鸽圆环病毒（PiCV）的遗传演化特征，本研究从山西太原、晋中等地区鸽养殖场采集10

份疑似感染PiCV的病料样品经常规处理后进行Cap基因的PCR检测。结果显示，从10份病料样品中检测到1份PiCV

阳性样品，将鉴定的PiCV命名为SX01/Shanxi/2023株。通过PCR分段扩增SX01/Shanxi/2023株的全基因组序列并测

序，利用SeqMan软件将序列拼接。结果显示，分别获得759bp和1560bp的目的片段，经测序拼接后获得了PiCV全

长2038bp的全基因组序列。利用MegAlign软件分析PiCV全基因组序列的同源性；采用IQ-tree软件构建PiCV全基因

组的遗传进化树；利用ClusterW软件分析PiCV全基因组编码氨基酸序列的变异；利用Simplot和RDP4软件对SX01/

Shanxi/2023株进行重组分析。结果显示：SX01/Shanxi/2023株与国内外PiCV全基因组序列的同源性在84.6%~96.3%，

其中与德国PiCVCoCV株同源性最高达95.1％，与我国陕西TF1/SN/2016株的同源性最高达96.3%。进化树结果显示，

SX01/Shanxi/2023株与国内陕西TF1/SN/2016株及DS1/GS/2018株处于同一进化分支，亲缘关系较近。氨基酸序列分析

结果显示，SX01/Shanxi/2023株Cap蛋白及Rep蛋白氨基酸序列与PiCV参考株相比均发生了部分氨基酸位点的插入、

缺失或突变，其中Cap蛋白氨基酸序列变异多于Rep蛋白。重组分析结果显示，该株病毒是由陕西TF1/SN/2016株为主

要亲本，陕西WL1/SN/2018株为次要亲本形成的重组病毒，重组断点位于nt520。基于IQ-tree软件构建的重组断裂点

位点前后（nt1~nt520、nt521~nt2038）的进化树进一步验证了上述结果。本研究首次在山西地区检测到PiCV，丰富了

PiCV分子生物学特征和流行病学研究内容，也为山西地区PiCV感染的防控提供了重要参考依据。

关键词：鸽圆环病毒；全基因组；遗传进化分析；重组分析

中图分类号：S852.65文献标识码：A文章编号：1008-0589（2025）01-0096-06

Genomesequencingandanalysisofpigeoncircovirusfromthe

ShanxiProvince

1†2†221*2*

ZHANGJuan,RENPeng-fei,LIXing,GAOZhen,WANGZhong-bing,LIANGLi-bin

(1.ShanxiProvincialAnimalDiseasePreventionandControlCenter,Taiyuan030000,China;

2.Coll