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2024年第11期现代园艺试验研究

河八王叶绿体基因组的结构特征与系统进化分析

苗小荣1,李娟云1,黎东海,韩聪颖²,牛俊奇1*

（1玉林师范学院生物与制药学院，广西玉林537000;2玉林师范学院创新创业学院，广西玉林537000)

摘要：河八王具有分力强、抗倒伏、抗病能力强等优良性状，是甘蔗杂交育种的优良亲本。为了分析河八王在禾本科中的系统

进化地位，采用第二代高通量测定技术对河八王的叶绿体基因组进行测序、组装和注释，分析其结构特征和系统进化关系。结果显

示，河八王叶绿体基因组全长141218bp,NCBI注册号为ON807673；具有2个反向重复序列IRA和IRB(22794bp）长单拷贝区

(LSC,83095bp)和短单拷贝区(SSC,12535bp);具有103个蛋白质编码基因、8个rRNA和38个tRNA;具有114个SSR位点，三

核苷酸重复类型最多，五核苷酸重复最少；系统进化表明，河八王与甘蔗属的甘蔗和甜根子草的亲缘关系最近。本研究结果为河八

王种质鉴定和谱系地理分析提供了理论依据。

关键词：河八王；叶绿体基因；SSR；系统进化

河八王（Saccharumnarenga)别名草鞋密，属于禾组进行测序,构建系统进化树,解析河八王在禾本科中

本科河八王属,是一种多年生草本植物,具有早熟、分的进化地位，为今后开展河八王种质鉴定、系谱分析和

能力强、直立抗倒伏能力强、抗病能力强等多种优良辅助育种等方面奠定理论依据。

性状。主要分布于埃塞俄比亚、印度、中国、孟加拉国、1材料与方法

缅甸、尼泊尔、老挝、巴基斯坦、泰国、越南等国家(世界1.1试验材料

植物在线)。在我国主要分本试验中的河八王材料由广西农业科学院甘蔗研

布在华中的湘鄂赣皖、华南的粤桂、华东的江浙闽台以究所刘昔辉研究员惠赠。

及西南的云贵蜀渝等地区。河八王具有固氮的作用，1.2叶绿体基因组测序、组装和注释

可以将空气中氮气转化成植物可利用的氨态氮，增加采用CTAB法，提取河八王叶片的总DNA，样品

土壤的肥力；根系能够穿透土层达到深层土壤，防止流检测合格后，采用IlluminaHiseq测序技术（深圳市惠

水和风化对土壤的侵蚀；作为绿化植物可以净化空气、通生物科技有限公司）进行测序，然后使用NGSQC软

吸收粉尘和阻隔放射性物质；与甘蔗高糖品种进行杂件对测序数据进行质控，一共获得质量控制过滤后的

交,F1代在抗逆性、宿根性等方面大多数超越亲本，说干净数据4.02Cb,测序深度达到1077X，碱基测序错

明它还是甘蔗杂交育种的优良亲本2。误率仅0.04%。对获得的测序数据进行拼接，完成叶绿

甘蔗亚族含河八王属、蔗茅属、芒属和硬穗茅属，体基因组组装、注释和物理图谱的绘制。经检查无误

这些属与甘蔗属的亲缘都很近，在野外可以相互杂交，后，将河八王叶绿体基因组提交NCBI数据库，获得序

统称为“甘蔗复合群。甘蔗属的分类一直存在争议，列注册号为ON807673。同时,将测序原始数据提交到

但普遍认为可以分为6个种,其中栽培种有4个,分别生物样品(BioSample)数据库和SRA数据库,其注册号

是印度种（S.barberi）、热带种（S.officinarum）、肉质花穗分别为SAMPRJNA855530。

种（S.edule)和中国种（S.sinense）,另外2个野生种是割1.3简单重复序列分析

手密种(S.spontaneum)和大茎野生种(S.robustum)4。除利用在线软件MISA对河八王叶绿体基因组进行

了糖分和纤维，其他特征热带种与大茎野生种非常相SSR位点分析，参数设置为单、二、三、四、五和六苷酸

似，而基于分子标记研究结果也表明大茎野生种和热的最小重复次数，分别为10、3、3、3、3、3和3次，2个

带种的亲缘关系很近，因此认为两者可能就是同一物SSR的间距为100bp。

种,即热带种。当前，在甘蔗亚族属和种的分类问题上，1.4系统发育树分析

有分10属125种、17属89种、11属71种、10属66

为了解析河八王在禾本科中系统进化地位，采用